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Encoding gene seq in Brainfuck syntax

"A" --> 1 or {'+' in brainfuck} "C" --> 2 or {'++' in brainfuck} "G" --> 3 or {'+++'} "T" --> 4 or {++++}





In [32]:



    


# written on 26/07/17

import sys
import string



    











In [33]:



    


gene = open("BRCA1_BAP1_copy.txt","r")



    











In [34]:



    


st = gene.readline()



    











In [35]:



    


for line in gene:
    line = line.lower()
    for char in line:
        if char == "a":
            st = st + '+>'
        if char == "c":
            st = st + '++>'
        if char == "g":
            st = st + '+++>'
        if char == "t":
            st = st + '++++>'



    











In [36]:



    


print(st)



    


















    






>NG_031859.1 Homo sapiens BRCA1 associated protein 1 (BAP1), RefSeqGene (LRG_529) on chromosome 3
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In [37]:



    


text_file = open("Output.txt", "w")
text_file.write(st)

text_file.close()



    











In [ ]:

Content source: xortical/genes-in-brainfuck

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