In [2]:
import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np
def logit(p):
ones = np.ones(p.size)
return np.log(p / (ones - p))
z = np.arange(0.0001, 0.9999, 0.0001)
phi_z = logit(z)
plt.plot(z, phi_z)
plt.axvline(0.0, color='k')
plt.ylim(-7, 7)
plt.xlabel('p')
plt.ylabel('$logit(z)$')
# y axis ticks and gridline
plt.yticks(range(-10, 10, 1))
ax = plt.gca()
ax.yaxis.grid(True)
plt.tight_layout()
# plt.savefig('./figures/sigmoid.png', dpi=300)
plt.show()
In [3]:
import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np
def sigmoid(z):
return 1.0 / (1.0 + np.exp(-z))
z = np.arange(-7, 7, 0.1)
phi_z = sigmoid(z)
plt.plot(z, phi_z)
plt.axvline(0.0, color='k')
plt.ylim(-0.1, 1.1)
plt.xlabel('z')
plt.ylabel('$\phi (z)$')
# y axis ticks and gridline
plt.yticks([0.0, 0.5, 1.0])
ax = plt.gca()
ax.yaxis.grid(True)
plt.tight_layout()
# plt.savefig('./figures/sigmoid.png', dpi=300)
plt.show()
尤度L:結果から見たところの条件のもっともらしさ
$$ L(w) = P(y|x;w) = \prod_{i=1}^nP(y^{(i)}|x^{(i)};w) = \prod_{i=1}^n(\phi(z^{(i)}))^{(y^{(i)})}(1-\phi(z^{(i)}))^{1-y^{(i)}} $$$ P(y|x;w) $の;wはwをパラメータに持つという意味。
対数尤度l:
上記関数は勾配上昇するので、コスト関数Jとしてはマイナスにする
$$ J(w) = \sum_{i=1}^n\bigl[(-y^{(i)}\log(\phi(z^{(i)})))-({1-y^{(i)})\log(1-\phi(z^{(i)}))}\bigr] $$1つのサンプルで計算されるコストは、上式から$ \sum $と$ (i) $を取って、
$$ J(\phi(z),y;w) = -y\log(\phi(z))-(1-y)\log(1-\phi(z)) $$上式から、y=0であれば1つ目の項が0になりy=1であれば2つ目の項が0になる。
$$ J(\phi(z),y;w) = \begin{cases} -\log(\phi(z)) & \text (y=1)\\ -\log(1-\phi(z)) & \text (y=0)\end{cases}$$
In [4]:
from sklearn import datasets
import numpy as np
from sklearn.cross_validation import train_test_split
from sklearn.preprocessing import StandardScaler
from sklearn.linear_model import Perceptron
from sklearn.metrics import accuracy_score
# Irisデータセットをロード
iris = datasets.load_iris()
# 3,4列目の特徴量を抽出
X = iris.data[:, [2, 3]]
# クラスラベルを取得
y = iris.target
# print('Class labels:', np.unique(y))
# テストデータの分離
X_train, X_test, y_train, y_test = train_test_split(X, y, test_size=0.3, random_state=0)
# 特徴量のスケーリング
sc = StandardScaler()
# トレーニングデータの平均と標準偏差を計算
sc.fit(X_train)
# 平均と標準偏差を用いて標準化
X_train_std = sc.transform(X_train)
X_test_std = sc.transform(X_test)
from matplotlib.colors import ListedColormap
import matplotlib.pyplot as plt
import warnings
def versiontuple(v):
return tuple(map(int, (v.split("."))))
def plot_decision_regions(X, y, classifier, test_idx=None, resolution=0.02):
# setup marker generator and color map
markers = ('s', 'x', 'o', '^', 'v')
colors = ('red', 'blue', 'lightgreen', 'gray', 'cyan')
cmap = ListedColormap(colors[:len(np.unique(y))])
# plot the decision surface
x1_min, x1_max = X[:, 0].min() - 1, X[:, 0].max() + 1
x2_min, x2_max = X[:, 1].min() - 1, X[:, 1].max() + 1
xx1, xx2 = np.meshgrid(np.arange(x1_min, x1_max, resolution),
np.arange(x2_min, x2_max, resolution))
Z = classifier.predict(np.array([xx1.ravel(), xx2.ravel()]).T)
Z = Z.reshape(xx1.shape)
plt.contourf(xx1, xx2, Z, alpha=0.4, cmap=cmap)
plt.xlim(xx1.min(), xx1.max())
plt.ylim(xx2.min(), xx2.max())
for idx, cl in enumerate(np.unique(y)):
plt.scatter(x=X[y == cl, 0],
y=X[y == cl, 1],
alpha=0.6,
c=cmap(idx),
edgecolor='black',
marker=markers[idx],
label=cl)
# highlight test samples
if test_idx:
# plot all samples
if not versiontuple(np.__version__) >= versiontuple('1.9.0'):
X_test, y_test = X[list(test_idx), :], y[list(test_idx)]
warnings.warn('Please update to NumPy 1.9.0 or newer')
else:
X_test, y_test = X[test_idx, :], y[test_idx]
plt.scatter(X_test[:, 0],
X_test[:, 1],
c='',
alpha=1.0,
edgecolor='black',
linewidths=1,
marker='o',
s=55, label='test set')
In [5]:
from sklearn.preprocessing import StandardScaler
sc = StandardScaler()
sc.fit(X_train)
X_train_std = sc.transform(X_train)
X_test_std = sc.transform(X_test)
X_combined_std = np.vstack((X_train_std, X_test_std))
y_combined = np.hstack((y_train, y_test))
#print(X_combined_std)
# Pythonでの実装
from sklearn.linear_model import LogisticRegression
# ロジスティック回帰のインスタンスを生成
lr = LogisticRegression(C=1000.0, random_state=0)
lr.fit(X_train_std, y_train)
# 決定境界をプロット
plot_decision_regions(X_combined_std, y_combined, classifier=lr, test_idx=range(105, 150))
# ラベル設定
plt.xlabel('petal width(標準化済み)')
# 凡例を設定
plt.legend(loc='upper left')
plt.show()
$ \lambda $は正則化パラメータという。
正則化パラメータ$ \lambda $の逆数をCとする
$$ C = \frac{1}{\lambda} $$$$ J(w) = C\sum_{i=1}^n\bigl[(-y^{(i)}\log(\phi(z^{(i)})))-({1-y^{(i)})\log(1-\phi(z^{(i)}))}\bigr] + \frac{1}{2}||w||^2 $$
In [9]:
weights, params = [], []
# numpy.arange(-5, 5)はだめ。https://github.com/numpy/numpy/issues/8917
for c in range(-5, 5):
lr = LogisticRegression(C=10**c, random_state=0)
lr.fit(X_train_std, y_train)
weights.append(lr.coef_[1])
params.append(10**c)
weights = np.array(weights)
plt.plot(params, weights[:, 0], label='petal length')
plt.plot(params, weights[:, 1], linestyle='--', label='petal width')
plt.ylabel('weight coefficient')
plt.xlabel('C')
plt.legend(loc='upper left')
plt.xscale('log')
plt.show()