Author: Laura Gutierrez Funderburk Date: June 2017
Week 2. Section 1.3: Peculiar Statistics of the Forward and Reverse Half-Strands
We define Skew(input_sequence) as the difference between the total number of occurrences of G and the total number of occurrences of C in the first i nucleotides of the input_sequence. The skew diagram is defined by plotting Skew[i](input_sequence) (as i ranges from 0 to length of input_sequence), where Skew[0](input_sequence) is set equal to zero.

In [104]:
import numpy as np
from pathlib2 import Path
import sys

In [68]:
def Skew(input_sequence):
    length = len(input_sequence)
    skew = 0
    arr = []
    arr.append(skew)
    for i in range(length):
        if input_sequence[i]=='G':
            skew = skew + 1
        elif input_sequence[i]=='C':
            skew = skew -1
        else:
            skew = skew + 0
        arr.append(skew)
    np_arr = np.array(arr)
    return np_arr
We now define the Minimum Skew Problem: Our goal is to find a position in a genome where the skew diagram attains a minimum. This program takes as input a DNA string called 'Genome' and outputs all integer(s) i that minimuze Skew[i](input_sequence) among all values of i going from 0 to the lenght of input_sequence.

In [115]:
def find_min(list_of_numbers):
    save_min = []
    for i in range(len(list_of_numbers)):
        if list_of_numbers[i]==np.min(list_of_numbers):
            save_min.append(i)
    np_save_min = np.array(save_min)
    return np_save_min

In [113]:
result = Skew('GCGAAGGGTTGCCCGAATCCCTTTAGATATATTAGTACAGCTGCGAGTGTGTAATAGCCGCCCCAGATTATGTTTCGCTGCCTACATCCACTGGAAAGGTGGGGGTCTTCCGTCCTGTTAAAGATTTTAGGGTCTGCCTTTGTCTGCATCTCATTGTGAGGTACGGAGAGAGTCACCGCACTATAAGCCTACTCAAGGTCGCTTCGCCCGCGGAGTCTTGTACTGATCCACCTATAATGTCGTCCTATGCATTTAGACCACCTAACTTGTCAGGGTGTACGGGAATAGCCAAGTGCTAATTCGTTAGCGTTTAACTTTAAGTCCGCGTAAATAAAACTCAGGTCAATGACGTCCGGCATTTGGCGTACATATCTACACTAAAATGGCTGCCGGAGATACCAGTACTCCGAGTCTGCTTTATCCATCAGTCTAGGCGCAACTACAACGAACGTAATGAGATAGACGAGTACGGCGTGCACCAACGTCGAACGGCTGAAAATGGGCCTGTAGCGGTCTTATAACCTCTGCTGTTCAGATGGTCAGTGTGGAGCCGTAATCGGAGCAGGGCATAGACCAACCTTAGGAGCTGTTAATCCACTAATGCCGGTATTTCGTGCCAGACCCGCTGGAGATTAGTAAGGAAGCGCTAACAATCCCGAGCAGTGAACTACCAAGCATGACCGAGGCTCACATAACGCGGACATTCCCTCCTATACAAGATTTACAAGGTGTGTCAGATTGCTGACATAGGGCGCGCACTCGACAGCGGCTGCGTGTTAGACTATTAACCAAAGTTTCGGGAAATCAGAGTTTTTCGAATTGTAGACTTATAACACAACCATACGATCGGCGAAATAACGACTATGGGTCGTATAGGCTTGCATAGCTTGCTGACGACCGTCCCCCGGTGAGTCCGGGTCATTTGAATTTCAGCTGAGCGTCGACCTGTAGACGCTGCTGAACACGTATACTTCCAACTTAGGTTCCCCTGGGAATATCTTTGCTCCGACCCGAGTGTAGAATAGCGGTAAGACAAGCAGTCACGTTATCTCCCATGGTATGGTTCGGAATTCTTAATCTAGCAGACTCACGTTACACTTAAGGGGCGTTGGGCCTAAGAGCATTTAAGACGTAATGCGTACTGTTAGGAGAACCGACCTACAGAAGTCAGTTACAGACATGAGGGCTTCGGGGTCATGACCGACCCCGGGCTCGACCAATGTGGCACTCCTGACTCGACGGGGTGTAAAAGGACGTCTTGCCCTGATTCAGATGTGTAATTAACTATAGTCGATATGAAACTGGCCGGTCAGCTGGTTTTACTCCCGTACGACATTCTGACACGAATTTAAGTAGTGGGTTCTCATGCGTGGTTTGAATCAAAGGCCCTGAACCTATTAAAGGCGGATGCCTGCGTAGGAACCGCAAGAGAGCAAAACGCTTAGTTCTACGACCCACAGGAGAGTCACCGTCCAGCGGACTCCGAGGTTGACAGTCGTGTGAACTGCCGCGTCTACTTTAGGACGAGTTATTCCAAGTTGTGAAAAACGACACACTAAGACTATCGATGCTTTGATTTCTCAGGCTTACCTTAATTGGCAAGGCGTGGGACTCACTAGTAGTTACTTGATTAGTACTCTTATGGAAACTGGCAGATGCCTCGGCCTATAACGTAACCCACTATGTACGCCTTAGTACCTGATGGAAAAAACTCTCTCGATGAGAACAACGACAAAGGAAGGGGTTGCCGCAATCTAAGGCCAGCAAGAGGTCCATTTTGCCTTATAACGTGACATCCTAACTGTATCGCACAACCGACAGTCACGATGTTGCCCCAACTGATTGCTCCAGTTGCGAATAAGCGCTTAAGCTTATTATGGACTTCGGTGAAAACTCACGTACGAGTTCTTCATCTGGGCGTTGAGCAACCGGTCATTCTGAGGTCGGCCTGTCAGTTCCTTGTTGGTCAAGCGTCGGTAGGGTCCGCCTATGTCATTATGGCCGAGTCAAATAACAACATCCTGTAGTCTCGTTCCCACTACTCCGACCAGCGCCTTTGCTATTCACCTTTGAACTATCCCGAAACGAAGGCTACCAAATGACGTTCGAGCGAAAGCTCAGGGCTAGTCGAGGGTATCCCAAAGGGGGCTCCGCCCGCCTAGGGGTCGCTGTCTGGTATGACAAGAACAGCACCAGGCCACCAGTGAGTGTGGGGAAAACTTATTGAGACAGATTCGGTCGTCGATCCATCTATTTACAGGTACCGTCCTGACCCTTGTTCGGCTTGTTGTTTCTACGTTACTCTAATTCACAAGTTCCCGACCAGGCGATATACGTTTTTTCCTCACAACTGTACTCCACCATCGCCGTCGCTGAACACGACCAAGTTACTAAGACCAGTGATAGTTTCCTCATAAGGGCCGCGCTCCAACCGCGTTGGTGTGGACTAAGATCCACACCTATCCCAGTACCGGATACCATTGCCAGCACGACGGCTAGACGCTGTTACGTCCGCGCCGAAGGTACAAGCGCTGACTTCTGGTGGGGAGGCGCTATGCATTGGGTGCTGTGATAATGGCTTGCTTTGACGGATAACCGTGTCCGTAAATCGCCTCTGAAAATACTGCTTTTCTGAGCTCATGTGGCAACGAACCGTGAAAACTATATAATTAGTGCCCGTGATAAAGCCCAGATTTTAGGAGGACGTACCCTGCAAAAAGGCACGATCGCGAGCCGCGGCCCCTTACGCTAGCCATTTCTGTAGGGACAGAAGTCTTCTAACAGGACATTTTGAGCGTATAGGGGCTTGACATTTTTTCGCAGATGTAAATTCGTCCCGTACTGGTTACCGTGGTAAAAACACTGATACACTCTAAGGGACAACGCTAAGGAGGCAAGAGAAAACTGTTAACATCGGACCCCCCGCTCGTCCCGCGAGCTTCGGGCGACTGTTTTTGCCTATTGATATCGGCACCCCTTGTAACGCACGACTTCCTGCGCAGAAGCAGGACTCGGTCGAGGTGAGTACCTTATAGTTGCTGCAACCGTTTGGCGGCAAGATTCTACCATTCGAGGGGCCTGAGGAACTCTGCGGAATCTTTCTGCCGGGGTACTCCAGCGATAGCCGCAAGAGATGCCGGGGCGGTGTGGCGCCATGAATGTTGAGAACTTCACGCTTTTTGGGCTCGCTACAAGATAAGTCTCTATTAAGACGTCCTGCTAAGTCACCTCAATAGCGCCTTGTCCCAATTCAGAGGAAAAGGACATGTTATTGCTGTGTTGATTGCCGGCATTGGCACACCCGAACTAAATTTCCTGCATATGCATCATGAGCCTGACGTTCGGACTAAACCAGTCTCCGTCAGCTGGCTATACTAAACTATGGAAGAGCTCATCGGGGTTCGTTTGGAGACAACCGATTGACACTGGGTGGTTTTATGCCCCTCTTCTACGAGAGCCACAGACCTAAGCCTATCCGATATTACTTCGGTCGCGTCCATATACTGTGTACGAGTCAGTATACCCCGAAGAGTGCTTTTTTCTGGAGCGAGTGAGGTGTATCCGGAACCACTTCAGGCCCCAGCCGTCTTGCAGGACGTAGTCTCTCCGTCCTCACCAGAAATTATCGTGAAAGAGCAATTACCTAGAATAACTGAGTGCTTAGACACACGGTTGTATGATGCGTGCCGACGGAATTACGACTACCTGCACGTCGCCAAGGTTCTGATTTTAGGACGCGGGACCCGCATCGGACTGGGAGCGAACATCAACCGAGGGTCTGATCTCCTGAAACCTGACACCGACTCCGCAGCTTGGCCCGGGCTAACGGCTTGCCGAAGTGGCCTCAACATCATCAGCTAGTCAACCGCCGGCTGCTCTTAACATGGAGCGCTCAAGATGGCTCATAAAAGGATTCCTTCATTTGGCGCCATGGTGACGTTTGTTTCCATGTTCGGGTGTCGTCAAATACGTTGTGGGGTATATCTGTACTCTGAGGGATCCTCCAAACCCCTTGACCCGGTTTTACGGCCCCGTTTGTCGCTGGCACCATTTGATACGTCCACGTCAGCATGCTCAGAAAAGCCGCCGAGGTTCGAGTACAAGGCTACTAGGAGGCCTATGACTTGCCATCACTTCGTGGGTCATTCCATACGCCTTACACACACATAGGCTTAATACGTCGAATGTGCTTGGGTCCGCCACATACGGGAAAGTGGATCCCAAATATATTTCGTATTTACCACCTGCCCGGCACGCTTTTTATCTGTGCAGTTTTCGCGCCCCTATGTATCTTATACCTTATGTGCTCTGAGTTCCCTCGATGTGCGCGTTAACCCCCTGATCTTTCATCATGAGTAGGCAAATTTGACCAGGTAGTTTACTTCTCGCTGAGAGTACGAGCAACAAGTTGGTAACCTCCAAAGTAGTCCTCTCCCCCAACCTCGCGTATCCCTCTACGCGTGGGTCTATCGTACGTCGTTACCCCCGTTAGAGGACGCGTTCACGCCTGACGATAACAAATGGGATTATAAAAAATATCAATGAAGCGTAATCGGTTACCTCGTGCCGCCCCTATGATATCACTACTTTCGAGGTTTAATCCGCGCCGAGTCCAATTCAGACTCACACGATACGAAACACATATAAGGGAGTGCACCGTAAAATCCCGCTTGGCTGAAAGAGCACTGCTTCTCAGACATTTGGATATCTCGTGCTATGCGCGAATTTGCCAACTACTGACCGCAAGCGCGATGGGTACTATAGAGATGTTGTAAAGGGTAGCCCGGCCTTTGTGTCGCGCAGGCACTTTTTAACGGAGCAGAGCCGCAAGATACAAGGGTACGCTTATATAGCTTTAGTGTATACTTGTTGCAGGTATGGGGGAGCTGATACTTGTGCAGACGGCGGGCACTATCCGTCGAGGATATAAATTTGCGTCATACGCGTTTGAAAGTGCCAGAACGGAGGGGGATTGGCATCCCCGTCGCCAGCTC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GGATATCCAATGCTCAAAGTGGGCCCTTCCAGGTGAATAACGCTAGTGCGGAGTTGTGACCTATTATCATAAGCTGGTATGTGTCAAATTCCACTCACTGCGCCCACGGAGGCTCTTGAGGACAGCACATGGCTCCTGAGAATCCCTCGTCGTCTCTCAAGGTCACACTGGGGAATAGGGAGCTACTACACTCCACGATGCCTCAAGAATGGCCCCGTTAGCTTGAACGCGAAGACTACCCTAAATCTTTTATCAAGGTGACGCCCACAAGAACATCGACCTGTCGGGTACCCTTTATAAGAATCAAAGCGCGAGAGAGGGCTTCATGTCGCCTACATTCGTGCTACCCGCTATGCGAGATGACGAGACGTTCATGTAAGTGACATTACCTCACAACAAATCCACCTCGTATCAGAACGTCGGGCTAGTACCTAGGCCGGCCAACTTACGCCTCAACTGTGTCTGCGAACTCCTGTCCGTTCCAAGACCTCAATAAACCGATCGGAATGGGACCGGCAATGATATTGGACACCCGGGAGGTAGCGTATTTAAAACCGACGCTACCATAGACCGGAACCCTGCCCAATATTCTGGAACCTCGATGACCTCAAGAACCAACCGGCGTCTAGTGCAGCGGTTCTACAGGAGCTCAATAGCGGTACAATTTAAATAATCTAGGCGTAAGGCTTTCAGGGGACGTTACATCTCCGCTATTAGAGACTATCTATTGTCCCGCCCAACATAGGCACTCATGCCAGAATCCCCTGCCTACCATAAGATCCTGAGTACGTGAGAGGCAACAAGCTGCTCCAGGGCAAACAAAAACTACTCCGGGGAGACGGAGCAATGTCGGTTACACTGCCACCTGTGTTAATTCCTTGCTGCAGTGACACCAGTCCGGTGTATACAGGGACGGGGTTTTTCATTCCTAGATCGCTCTATAAGCGGGTAATGGCGGTACCCCAGAGCTGACATTGGCAGTTTCGGCCGCTCCAATGTGGCCTCAGTGACGAGATTTTGACAGCCGAGGATTGACCAAAGGCCCGTGTTGCGTGGATGAGGACCGTTGCGACGAGACAGTCACGTTCGATCCCAGCGGCAGCTTGTATGCATCGCCCCACGGTGAAGCAGCATCGAGTAGTTCGTGCCCTAGCCGTGCTTACGCAATCTTAGGCGGACCGCAGATACTCATCTATGACTTATCCTCCCTATAGTGGTCAACCAGAGAACCGTGAGATGTTTAGTGTACGAAAGGACAGAGGTTTTAACTGCATCCCAGCGGGTCAGACCTAAGACGGAACCTCTCAGCCGCGCTGGGGGTTGATCATCACCATCGCGGTAGATATGAGTATTACCAACTACGAGTAACAGCTTGCCGAAACTCGTCTAAAGAATTCAATGTAGGATGCGGTACATCGGACTAGTCGGAGCCGGTAGCATAGCACATCGAGCCTAGACTTGGGCGGAGAGTATACCCCCTGCATAATTGATTTCTCACCTTGGTGTAGATCCCGAGTACTTGAGTGTTCATGCAATGTCGGTCAGAATCTATCTATTTGATTGAGCACCTTACTCATGATATATCATCTTCAAAAAAGCCGTCGTGTCCTGTACGATGCCACAGGAACGTGCATTGCAAATTCTAACTGCCTGCACTAACTATAATCTGTACCCGAGACCAGTGGACACCCCGGTCGCGCATTCTACTTTGAAACACGTTTTTCCCTGCTATCTTGACAGGCGCTTGGTTTAGCATTGCACTTGGTGATGTAGTGTCTCCTTGGGAGAAGCTCACTGGAACAATATGCCGGCTGCCTACTCTCCTTAGGGATGGCGTGGGCAGCTCTACAATAAGTCATCAATAAAATACGGAGAAATCATGCGCCCGAAGATATGCTGACACTCGCAATATTTGACGAATATTATACTCCTATGCGTTGGGTCCAAGCCTGGGGTATAGTAATCCACCGGCAAATTTGCTTCTGGTAGACTTCCTAGATAGTGCCTAATACTTGTGGCACCCCAGTGAAGTCCTTGGTTAGCTTGTGTGGAGTAGTCCTGGTCCTACGACTGTGACGTCTGGCGTGGAGCCTAACGCTCTGTTTAATGACCGACTGCACATGGATATCTGATTAGTATTGTGACCAGTGATGTGGCCAGATGAAAGCTTATCTAATACATAGATCAGAATCCGCGGGATGTAACGAATCGTGATGCCATAAGAACGACACACTACAAGGCTACCAAGCGCCAGTCACTGAAATTTCAAGACCTCTGCTTAGAAGCCCACCAGAGGGCGTTCGACAACAACTGTAGACCCTTTCTACTCTGCCCAGCGAGCCCGATTACTGCGAGTATGCGAAGCCCTAGATTGGACCCAGGTGAATGCCCCTCCTGGTTTCATATAACGACTCAATCTATGTATACATTGTAAACAAAGTACATGCCGTTATCAATGGCTTGGAGATGGGATAAATACCGTGTTCTTCGACCGCTAAGCCTCAGCATTTCGAACGTAGACCTTGCCCCTCATTAGTCTCTGAGCAACCGCCTCACACGTATGGGTGTTTAGAGCTCCCCCAACAATGACGCACATAGGCTCTTCCTGTGCTCACGTTCGTGGTCGTTCACGTCGGGGCGCGAAGCATTCATCTTACGTTGTCGCATCGCATTTAGGCGGCCTATGTCCATGTGACGCGCAACAGCTATCGATTTCTTTGGAGCACTAGAGTTCTCTACTGTATGGCTCTCATGCTTCGCTCAGCCTCGTGCGATAGACCGGACAATTATGATGCAGGGGGCCCGAGCAGAACGACAAGGGCGTTACATGTATGTCTAACCAGGTCGGGGATCTTAACTACTGACGAAAGGACCGTGCGAGGCCGCCCTCGGCGGGAGGGCTTCCGCACGTCGAGGAGTGGAGGTTTAGAGCTACGACTATAGCCTCGGCGGGCCACGCACCAGAATGTTACTACGTCCTTGAGGTAGAGCCGCGCCAGCTGCACTCTAAGACAACACCCCCGAAGTGAGACTGTTTTTAACCTATGCACGCCCGGAAACAAAGCTGATAAATTTCCTTGCGTAAGATAGTACGCTGGACACGTCGGTCGTCGACTGGTGAACAATCTTAATACACAATGAATTCTTGAAGTCAATTCCGACGACGTCTGAGTTGTCAGAGAGGCTAGCCTTTTGCATGCCGCTGGTTACTTATACAATTGAATACAACTCCTACTCAAGGAGCATGCTCTTATTCTAGCCTGTCCTTAGGTTGTCAATCATACTTGTATGGTACGTCGCGCGCAACTAGGCATAACCGAACCGCATGACCGACCAGGGGCAGGGCCTCGGGCAGAACTATGAATACTCAAGATAGAAATACAAGACCTCCGAGTGGAGAAAATCTAAAGTGGCTTATAGAATGATTACCTCACTGGAGAAGTGTACCATTGATAGAAGAGTAGTGCACTAGACTGACTGGAGACCAGTGTTGTCAATCTAGGTAGATGGGACGATACCTCACAGTCGACGACGTTGGATGGTGGAGAACCACCGCCCAGGCATTCAGGGTGTTCTAGCCAGGCAACGTACTCCTGAAGCAGTTTTATAGGAATTTAAGCAAGCGTACAAACATAGGGACCAATCCTGTACGAGATTACTGTCGACATTGTTGGAAGGGGTCTTGCACATACATGACCTGTGCCTCTCGCGTTGAAAATGTGCACGAAATTTGTGGGGAACGAACGCACGTTCGTTGCTTGCTGCACCGCTGGAAGTGCTATAATTACCAAATGACGGTGGGAGGGAAGCTCGCCAACCGGAAGTACTGTAACCGCGGGCTAGATGAAGAGAACCAGGATACCATGGCACAAAGTGCGATGGGGGATGATGTGATCGGAATGACTGTAGTGTATCGACAGTAAACTCCGAATGTTTCTAAAACCCGAGCATGGGCCGACACGTATGTGAGCCTGTTAGCGCATTGTCACCTTACGGGCGCATTTCATTTCGAGTTCCATTCCTTGTTCACACAACGTTGAAAATGGGTAACACATCGTGCGAAGCGGTGGACACCCACCCATCTACAGATCCTATCCCATATGCTGCCGAGAGCCCAGCGACTTTAGGCCCTACTGAGTATTTTAGTTAGGCAGTTCCTCCTCAATATAGGCCGAAGTACCAGTTGTTAAACCGTTCCGGAGGCAGGCTAACTTGGAAAAGACTCTCCCCAATACTATACATTCACAAGTAGTGGACGTATGAATCCGAAGCTCGCCACTCCGACAATTTCCACTACATAGCTTTCGAAATTATTTTGTCACAAGGCTGTTTTGATTTGACCCCCTGGGTGGCGATCACTAGCATCTACACTACCGTCGCCTCCGATGTATGTCCACCCTCGCAGAAGTCCTCCGGCCGGACGTGGAAATATGAATAGGCTATTTTGGAGCCTACCGACTGACTAAAAAGTTGGCCAGCAAAATTGGATGGCATGCTCCCAAACTGCGACCCGCCACTTCAAAGGAGGGCGGGACCACAACTTGTGGAATAGCACTAGCGACTTTGCTATAGGTAGTCCAGGACCTAGCGTAGCTGGATAACATAACGGACAACGCTAACATCGACCTGTGGCACCTCCGTACCGATCCGCGGGTGCGGCCAGTGCCTACGGAACCTGTATGGCAATAACGTTTGTAGGCAGTGGACTAACCTTGTGCGGTTTAGCTGTGGCTCAGAATATCGGTAAAAGATGCAGTGGGGAGTACTGGTACTCTAGATACGATCTAAGCCCCGAAGTCATCGGCGTAGTACGCAATCTACCTGTGCTATGATTGGTCATGATGCGGGCGACCTAAGTCTAGGTACGACCTACCGCTTAACCTCCTATAAGATGAAGCCCGCACCGAGTATACTTTACTTGAAGCTTCTGACAGGTCTCTGTTTGCATTCCCTCCCTTCCCCGTCTCCTTAGAGGTTCAGGACTTAGTATGTGCAATCTATTTACTCAACGGATAACCCAACTCGGCGGCTTCATCACACTGACATCGTACTAAATGCAGAGCAGTATTATGTCGAGAAGTGACCGCACTGCGAGTAAGATCCGGCTTTCTCCAACCCGTCGTAACCTCGCAGTAAAATATGTTATTATATCGATCGGTTGAGCCATATTTCACCCCTAGTCAAGTTTAGCATCGACAAGTATTACAAGCGTCATAATTGGCTCGCCTGATTCTCAAGGTTTTTCTGTGACCGTCTCCTTGCGCAACGTGTCCAGTTGCCTGGTTTTTCCATGCAACGTTTAGTACTGGATCAGATCTCCGAATAACCGACCAGGGTTTTTAGCTCAAGAGACGGTAGTAATCCATACACGGCGTCCTCGCTTTCACCGAAGGGCCAAATCCAGACGAGTGATGGCGGGTCTTGCTGCGCCAATACTCTGTCTACGTTCCGCTGATAGATCAACATGTGGTGATCAGAGGATCATTCTCTCCAGTGCTCACGCCAGTGGTTTGAGTGTCAAACATAGTATAGAATAAAGGTCCGTGCAGGAAAAACGACTATTACGTCCGACTAGCCTGACGTAAACTGGTTCTTATCACGCCCGACTGCCATGTAATGGTTAGGCAGATCCCACGTGATGAGTCAGGGCCCTTCGCCTGGGCCCCCCACCGCGCTGTTAGATGTTCAGGGGAAGCTAGTCCCTGCCGCGCGGTGGCACGAGGATGTTATCACCTGCCCATCTAGGACCTATAGTGTTTTTGTAAGTAATCATCTTGAGCGGTAGGCAGCATTGCACATTTGTTGCAACACGAAAGGACCCGACCGGGAGTGCTCTGGCGACTGATGACAACAGAAGTTAGATTAGGTGGCAGTTTTCCTAGCTCAGCATATTCAAGACCCCATGATGCGACGACGTGGTACGCATGCCTTAGTGAAACGAAGGGCAATCGATTGCCCACCTGCCACCTTGCCGTTGGCGCCATTAGATACAGTCCCGTGACAGCTGGAGGGCGTCGATCCCATATTTACCGGTTAATGATGACCGGCGTTCTTCCACCTGTTCCTTACCATTCAAATGAGGATGGTAGATTGTATGGTTTAGGTAAGCGTCGCGAATGCAGGCGGCCTGTAGCTGTTATGTTAAGCACGCTTGGTATGATGAACTCCCTGGTCTCCGCGGAAACGGTTCAATAGCATGCCCGGCTTGCACATGCGACTAGCGACACATTGGAAGGCTAGCCAAGTAGACCATTGCCAAAGGCACATGCAAGTATCCAATCTCACGCGCCCGGTTTCGACCCCGTGCGACGGAAGTGCATCCCCCTTGGGAACCGAGCTACGCAAGATTCGTATAACCGGTCCTTTGAAGGAATAGAGTAACGTACGCTTAGGGTTTTGGTTATGGCTTGGGAGTAGACTCGGCACCACGCCCATTACGCGAGTCCCTCCAGTTTACGCCTATGACTGGTTAAAAATGAGACTCATGAAGTCCAACAAAACCGACATCGGGTAGGAATGGATTGACTATATTGCATCGCGTTACATGACTGGGGGTCGCGGTTACCATACTGGACGTCGTCGAATTCCTTTGTTTAACCCCAAGCATAGGGCCAGAAGGTTGCCCTTTGGTACGTCCGAGAGGAAACCAGAAAGGTTTGACAGTCCGTGCACAGTTCAACTGCATGCGGGATGTCGAGCTAAAAATCGTCAATCGCCAAGTGGTTTGTTTGTGTCCCGTTATTATCTACACATTGACACCGTTTTAGAACTTAGTGGGGGATCCAACGCTAGAGATGCATCGGTTATACAATTACTACCGTCGCACTGCGCATGGGGGCCCTACACCCATGGCGGTGGAGTGATGAAGTCGACCCCGGTCTTCCTCAAAGGGTAGCGTTAGCTATCTCGGCAACAATCGTGCGATTAGAATACAAGGTACAGTACGATTTTGGTAATTGCGAGTCCGGTACGATCCCATCTGCGGGACGGAGAGGGGTGCTACATTGGCCGTAGGGTTTTGTAGCCGACCCACGACTTTACCAAGGCGGTAAGATCTTTTAATTTGGGGTCCTGCCTACGTGCTTATTTTTCTGGGAGTCAACCAACCCCGTGATGTTCCACAAAATTCCTAACTATGCAGAGGATGGGACATCCCATAAATGCTTTAGAATCCCAACGGCTGCTCTTTGGTATAGATCTGGTTTAAAGTAGAAGTCCCTTATCGTTAGCACACGGAAATGGTTTCCGTTACACCGTTATAGTCTTCTTTGACCCCCCTATTCTCCTACGGAATGAGCAGATTTGGAGGCGCCCTC')
print(result)
minimum = find_min(result)
print(minimum)


[   0    1    0 ..., -279 -279 -280]
[80665 80667 80669 80670]

In [122]:
res = Skew("CATTCCAGTACTTCGATGATGGCGTGAAGA")
res_2 = find_min(res)
print(res)
print(res_2)


[ 0 -1 -1 -1 -1 -2 -3 -3 -2 -2 -2 -3 -3 -3 -4 -3 -3 -3 -2 -2 -2 -1  0 -1  0
  0  1  1  1  2  2]
[14]

In [ ]: