Example: Regenerating Data from

R. Wu et al. / Elec Acta 54 25 (2010) 7394–7403

Import the modules



In [1]:

    
import openpnm as op
import matplotlib.pyplot as plt
import scipy as sp
import numpy as np
import openpnm.models.geometry as gm
import openpnm.topotools as tt
%matplotlib inline









    



C:\Users\Tom\Anaconda3\lib\site-packages\h5py\__init__.py:34: FutureWarning: Conversion of the second argument of issubdtype from `float` to `np.floating` is deprecated. In future, it will be treated as `np.float64 == np.dtype(float).type`.
  from ._conv import register_converters as _register_converters

Set the workspace loglevel to not print anything



In [2]:

    
wrk = op.Workspace()
wrk.loglevel=50



In [3]:

    
%run shared_funcs.ipynb

We can also investigate the effect of network size on the single phase diffusivity



In [4]:

    
y_2_values = []

n_values = [8, 10, 12, 14, 16, 18, 20]

for x in range(5):
    for n in n_values:
        x_ensemble, y_ensemble = simulation(n=n, npts=1)
        y_2_values.append(y_ensemble)









    



************************************************************
Running Sim with Net Size = 8 num points 1
************************************************************
Step 0 is percolating
――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――
Running ReactiveTransport
Tolerance not met: 93.0249472742978
Solution converged: 0.0
Step 0 Saturation 0.000 Diffusivity 0.095
************************************************************
Running Sim with Net Size = 10 num points 1
************************************************************
Step 0 is percolating
――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――
Running ReactiveTransport
Tolerance not met: 173.7324671288933
Solution converged: 0.0
Step 0 Saturation 0.000 Diffusivity 0.098
************************************************************
Running Sim with Net Size = 12 num points 1
************************************************************
Step 0 is percolating
――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――
Running ReactiveTransport
Tolerance not met: 301.6085947050094
Solution converged: 0.0
Step 0 Saturation 0.000 Diffusivity 0.087
************************************************************
Running Sim with Net Size = 14 num points 1
************************************************************
Step 0 is percolating
――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――
Running ReactiveTransport
Tolerance not met: 487.14592914316205
Solution converged: 0.0
Step 0 Saturation 0.000 Diffusivity 0.085
************************************************************
Running Sim with Net Size = 16 num points 1
************************************************************
Step 0 is percolating
――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――
Running ReactiveTransport
Tolerance not met: 729.0046137574475
Solution converged: 0.0
Step 0 Saturation 0.000 Diffusivity 0.084
************************************************************
Running Sim with Net Size = 18 num points 1
************************************************************
Step 0 is percolating
――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――
Running ReactiveTransport
Tolerance not met: 1012.0639767242358
Solution converged: 0.0
Step 0 Saturation 0.000 Diffusivity 0.082
************************************************************
Running Sim with Net Size = 20 num points 1
************************************************************
Step 0 is percolating
――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――
Running ReactiveTransport
Tolerance not met: 1392.749892656454
Solution converged: 0.0
Step 0 Saturation 0.000 Diffusivity 0.082
************************************************************
Running Sim with Net Size = 8 num points 1
************************************************************
Step 0 is percolating
――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――
Running ReactiveTransport
Tolerance not met: 90.15192384379233
Solution converged: 0.0
Step 0 Saturation 0.000 Diffusivity 0.095
************************************************************
Running Sim with Net Size = 10 num points 1
************************************************************
Step 0 is percolating
――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――
Running ReactiveTransport
Tolerance not met: 186.30716468378023
Solution converged: 0.0
Step 0 Saturation 0.000 Diffusivity 0.088
************************************************************
Running Sim with Net Size = 12 num points 1
************************************************************
Step 0 is percolating
――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――
Running ReactiveTransport
Tolerance not met: 301.3808265687318
Solution converged: 0.0
Step 0 Saturation 0.000 Diffusivity 0.090
************************************************************
Running Sim with Net Size = 14 num points 1
************************************************************
Step 0 is percolating
――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――
Running ReactiveTransport
Tolerance not met: 483.58685585717615
Solution converged: 0.0
Step 0 Saturation 0.000 Diffusivity 0.084
************************************************************
Running Sim with Net Size = 16 num points 1
************************************************************
Step 0 is percolating
――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――
Running ReactiveTransport
Tolerance not met: 721.3191824475067
Solution converged: 0.0
Step 0 Saturation 0.000 Diffusivity 0.085
************************************************************
Running Sim with Net Size = 18 num points 1
************************************************************
Step 0 is percolating
――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――
Running ReactiveTransport
Tolerance not met: 1025.1420743425529
Solution converged: 0.0
Step 0 Saturation 0.000 Diffusivity 0.082
************************************************************
Running Sim with Net Size = 20 num points 1
************************************************************
Step 0 is percolating
――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――
Running ReactiveTransport
Tolerance not met: 1400.2226787290406
Solution converged: 0.0
Step 0 Saturation 0.000 Diffusivity 0.081
************************************************************
Running Sim with Net Size = 8 num points 1
************************************************************
Step 0 is percolating
――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――
Running ReactiveTransport
Tolerance not met: 89.16438160624335
Solution converged: 0.0
Step 0 Saturation 0.000 Diffusivity 0.097
************************************************************
Running Sim with Net Size = 10 num points 1
************************************************************
Step 0 is percolating
――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――
Running ReactiveTransport
Tolerance not met: 177.42746709475526
Solution converged: 0.0
Step 0 Saturation 0.000 Diffusivity 0.090
************************************************************
Running Sim with Net Size = 12 num points 1
************************************************************
Step 0 is percolating
――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――
Running ReactiveTransport
Tolerance not met: 303.2330414998451
Solution converged: 0.0
Step 0 Saturation 0.000 Diffusivity 0.085
************************************************************
Running Sim with Net Size = 14 num points 1
************************************************************
Step 0 is percolating
――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――
Running ReactiveTransport
Tolerance not met: 486.5320185441062
Solution converged: 0.0
Step 0 Saturation 0.000 Diffusivity 0.083
************************************************************
Running Sim with Net Size = 16 num points 1
************************************************************
Step 0 is percolating
――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――
Running ReactiveTransport
Tolerance not met: 720.988579095798
Solution converged: 0.0
Step 0 Saturation 0.000 Diffusivity 0.081
************************************************************
Running Sim with Net Size = 18 num points 1
************************************************************
Step 0 is percolating
――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――
Running ReactiveTransport
Tolerance not met: 1019.69875980741
Solution converged: 0.0
Step 0 Saturation 0.000 Diffusivity 0.081
************************************************************
Running Sim with Net Size = 20 num points 1
************************************************************
Step 0 is percolating
――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――
Running ReactiveTransport
Tolerance not met: 1386.142937503189
Solution converged: 0.0
Step 0 Saturation 0.000 Diffusivity 0.081
************************************************************
Running Sim with Net Size = 8 num points 1
************************************************************
Step 0 is percolating
――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――
Running ReactiveTransport
Tolerance not met: 88.69611637598288
Solution converged: 0.0
Step 0 Saturation 0.000 Diffusivity 0.085
************************************************************
Running Sim with Net Size = 10 num points 1
************************************************************
Step 0 is percolating
――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――
Running ReactiveTransport
Tolerance not met: 175.65690312207064
Solution converged: 0.0
Step 0 Saturation 0.000 Diffusivity 0.091
************************************************************
Running Sim with Net Size = 12 num points 1
************************************************************
Step 0 is percolating
――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――
Running ReactiveTransport
Tolerance not met: 310.897532177607
Solution converged: 0.0
Step 0 Saturation 0.000 Diffusivity 0.088
************************************************************
Running Sim with Net Size = 14 num points 1
************************************************************
Step 0 is percolating
――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――
Running ReactiveTransport
Tolerance not met: 479.95116054081103
Solution converged: 0.0
Step 0 Saturation 0.000 Diffusivity 0.086
************************************************************
Running Sim with Net Size = 16 num points 1
************************************************************
Step 0 is percolating
――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――
Running ReactiveTransport
Tolerance not met: 728.9163869852457
Solution converged: 0.0
Step 0 Saturation 0.000 Diffusivity 0.085
************************************************************
Running Sim with Net Size = 18 num points 1
************************************************************
Step 0 is percolating
――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――
Running ReactiveTransport
Tolerance not met: 1020.2244752439183
Solution converged: 0.0
Step 0 Saturation 0.000 Diffusivity 0.083
************************************************************
Running Sim with Net Size = 20 num points 1
************************************************************
Step 0 is percolating
――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――
Running ReactiveTransport
Tolerance not met: 1401.028317583705
Solution converged: 0.0
Step 0 Saturation 0.000 Diffusivity 0.080
************************************************************
Running Sim with Net Size = 8 num points 1
************************************************************
Step 0 is percolating
――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――
Running ReactiveTransport
Tolerance not met: 92.20815431118777
Solution converged: 0.0
Step 0 Saturation 0.000 Diffusivity 0.105
************************************************************
Running Sim with Net Size = 10 num points 1
************************************************************
Step 0 is percolating
――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――
Running ReactiveTransport
Tolerance not met: 174.21499271551534
Solution converged: 0.0
Step 0 Saturation 0.000 Diffusivity 0.090
************************************************************
Running Sim with Net Size = 12 num points 1
************************************************************
Step 0 is percolating
――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――
Running ReactiveTransport
Tolerance not met: 306.8883762252843
Solution converged: 0.0
Step 0 Saturation 0.000 Diffusivity 0.087
************************************************************
Running Sim with Net Size = 14 num points 1
************************************************************
Step 0 is percolating
――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――
Running ReactiveTransport
Tolerance not met: 481.6935754508894
Solution converged: 0.0
Step 0 Saturation 0.000 Diffusivity 0.084
************************************************************
Running Sim with Net Size = 16 num points 1
************************************************************
Step 0 is percolating
――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――
Running ReactiveTransport
Tolerance not met: 716.0428264060183
Solution converged: 0.0
Step 0 Saturation 0.000 Diffusivity 0.082
************************************************************
Running Sim with Net Size = 18 num points 1
************************************************************
Step 0 is percolating
――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――
Running ReactiveTransport
Tolerance not met: 1016.4807409446328
Solution converged: 0.0
Step 0 Saturation 0.000 Diffusivity 0.083
************************************************************
Running Sim with Net Size = 20 num points 1
************************************************************
Step 0 is percolating
――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――
Running ReactiveTransport
Tolerance not met: 1403.7009248970512
Solution converged: 0.0
Step 0 Saturation 0.000 Diffusivity 0.081



In [5]:

    
y_2_values = np.asarray(y_2_values).flatten()
plt.figure()
plt.plot(n_values + n_values + n_values + n_values + n_values, y_2_values, 'ro')
plt.title('F(epsilon) versus N')
plt.xlabel('N')
plt.ylabel('F(epsilon)')
#plt.axis(xmin = 6,xmax = 22,ymin= 0,ymax = .2)
plt.show()