In [11]:

    

from __future__ import division
from Bio import SeqIO
import numpy as np
import editdistance
import textwrap


    

In [12]:

    

fastaFn = '../arabidopsis/trial.fa'

for seqObj in SeqIO.parse(fastaFn, format='fasta'):
    permList = np.random.permutation(seqObj)
    permSeq=''.join(permList)
    print '>',seqObj.name,'_perm'
    print '\n'.join(textwrap.wrap(permSeq))
    break


    

    




> m131029_030920_42175_c100583692550000001823087704281457_s1_p0/108991/0_1271 _perm
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TGGTAGTTTAAATATTTCCATGCATGGAAATTTAGATCGCGATGCGTTACGAAGGTATGAATCCTGAGGC
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