In [4]:
# fix ipython notebook
# import logging
# reload(logging)
# logger = logging.getLogger()
# logger.handlers = []
import logging
logger = logging.getLogger()
logger.setLevel(logging.DEBUG)
logging.debug("test")
DEBUG:root:test
In [5]:
import sys
import os
pth = os.path.abspath("./../")
sys.path.insert(0, pth)
import teigen
In [6]:
pth
Out[6]:
'/home/mjirik/projects/teigen'
In [7]:
teigen.__path__
Out[7]:
['/home/mjirik/projects/teigen/teigen']
In [8]:
import teigen.gui
tg = teigen.gui.Teigen()
conf = {
"areasampling":{
"voxelsize_mm": [1., 1., 1.],
"areasize_px": [110, 120, 130],
"areasize_mm": [110, 120, 130],
},
"postprocessing":{
"measurement_multiplier": -1,
"add_noise": False
}
}
tg.update_config(**conf)
tg.run()
tg.save_volume()
tg.stats_times
INFO:root:Starting Teigen
INFO:teigen.generators.cylinders:cylynder generator running
DEBUG:teigen.tree:CylinderId: 129
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DEBUG:teigen.tree:CylinderId: 4
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DEBUG:teigen.tb_vtk:d0 -0.775422008768 u 0.938258429389 psi 2.54356595999
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DEBUG:teigen.tb_vtk:d0 -0.614431942483 u 0.951816301109 psi 2.27252157131
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DEBUG:teigen.tb_vtk:d0 -0.395973875453 u 0.988672883322 psi 1.98287024687
DEBUG:teigen.tb_vtk:generating edge 17.8492527432
DEBUG:teigen.tb_vtk:d0 0.231876318312 u 0.916672293108 psi 1.31506354076
DEBUG:teigen.tb_vtk:generating edge 26.6648615187
DEBUG:teigen.tb_vtk:d0 0.880271554761 u 0.997920225862 psi 0.490481529048
DEBUG:teigen.tb_vtk:generating edge 3.66909857338
DEBUG:teigen.tb_vtk:d0 0.15450051394 u 0.536903843645 psi 1.27890717538
DEBUG:teigen.tb_vtk:generating edge 11.2169750296
DEBUG:teigen.tb_vtk:d0 0.328326545424 u 0.413874276096 psi 0.654585759302
DEBUG:teigen.tb_vtk:generating edge 13.5096562114
DEBUG:teigen.tb_vtk:d0 -0.214393592177 u 0.964236647411 psi 1.7950157673
DEBUG:teigen.tree:joints generated
DEBUG:teigen.tree:before visualization - generateTree()
DEBUG:teigen.tb_vtk:vtk version 0
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0.0238095238095
0.0238095238095
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0.0238095238095
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Surface:
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0.0238095238095
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0.0238095238095
0.0238095238095
0.0238095238095
Out[8]:
{'generate_volume_time_s': [1.2720959186553955],
'numeric_measurement_time_s': [0.012547969818115234],
'save_volume_time_s': [0.1481189727783203]}
In [9]:
# tg.config
In [10]:
import teigen.gui
tg = teigen.gui.Teigen()
conf = {
"areasampling":{
"voxelsize_mm": [1., 1., 1.],
"areasize_px": [310, 320, 330],
"areasize_mm": [310, 320, 330],
},
"postprocessing":{
"measurement_multiplier":-1,
"add_noise": False
}
}
tg.update_config(**conf)
tg.run()
tg.save_volume()
INFO:root:Starting Teigen
INFO:teigen.generators.cylinders:cylynder generator running
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In [11]:
import teigen.gui
tg = teigen.gui.Teigen()
conf = {
"areasampling":{
"voxelsize_mm": [1., 1., 1.],
"areasize_px": [510, 520, 530],
"areasize_mm": [510, 520, 530],
},
"postprocessing":{
"measurement_multiplier":-1,
"add_noise": False
}
}
tg.update_config(**conf)
tg.run()
tg.save_volume()
INFO:root:Starting Teigen
INFO:teigen.generators.cylinders:cylynder generator running
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INFO:teigen.gui:time before volume save: 32.2497520447
INFO:teigen.gui:time after volume save: 36.1105549335
0.02
0.02
0.02
In [12]:
import teigen.gui
tg = teigen.gui.Teigen()
conf = {
"areasampling":{
"voxelsize_mm": [1., 1., 1.],
"areasize_px": [610, 620, 630],
"areasize_mm": [610, 620, 630],
},
"postprocessing":{
"measurement_multiplier":-1,
"add_noise": False
}
}
tg.update_config(**conf)
tg.run()
tg.save_volume()
INFO:root:Starting Teigen
INFO:teigen.generators.cylinders:cylynder generator running
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INFO:teigen.gui:time before volume save: 86.6579539776
INFO:teigen.gui:time after volume save: 96.3312101364
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0.0178571428571
In [14]:
import teigen.gui
tg = teigen.gui.Teigen()
conf = {
"areasampling":{
"voxelsize_mm": [1., 1., 1.],
"areasize_px": [810, 820, 830],
"areasize_mm": [810, 820, 830],
},
"postprocessing": {
"measurement_multiplier": -1,
"add_noise": False
},
"generators": {
"Unconnected cylinders":{
"element number": 10
}
}
}
tg.update_config(**conf)
tg.run()
tg.save_volume()
INFO:root:Starting Teigen
INFO:teigen.generators.cylinders:cylynder generator running
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INFO:teigen.gui:time before volume save: 121.750138998
INFO:teigen.gui:time after volume save: 135.799724102
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0.0175438596491
In [15]:
import teigen.gui
tg = teigen.gui.Teigen()
conf = {
"areasampling":{
"voxelsize_mm": [1., 1., 1.],
"areasize_px": [1010, 1020, 1030],
"areasize_mm": [1010, 1020, 1030],
},
"postprocessing":{
"measurement_multiplier": -1,
"add_noise": False
},
"generators": {
"Unconnected cylinders":{
"element number": 10
}
}
}
tg.update_config(**conf)
tg.run()
tg.save_volume()
INFO:root:Starting Teigen
INFO:teigen.generators.cylinders:cylynder generator running
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INFO:teigen.gui:time before volume save: 236.626504183
INFO:teigen.gui:time after volume save: 263.40072608
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0.0169491525424
In [16]:
import teigen.gui
tg = teigen.gui.Teigen()
conf = {
"areasampling":{
"voxelsize_mm": [1., 1., 1.],
"areasize_px": [1210, 1220, 1230],
"areasize_mm": [1210, 1220, 1230],
},
"postprocessing":{
"measurement_multiplier": -1,
"add_noise": False
},
"generators": {
"Unconnected cylinders":{
"element number": 10
}
}
}
tg.update_config(**conf)
tg.run()
tg.save_volume()
INFO:root:Starting Teigen
INFO:teigen.generators.cylinders:cylynder generator running
DEBUG:teigen.tree:CylinderId: 0
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