In [4]:
import pandas as pd
import os
import datetime
In [5]:
def modification_date(filename):
t = os.path.getmtime(filename)
return datetime.datetime.fromtimestamp(t)
In [6]:
modification_date("instrument_2")
Out[6]:
datetime.datetime(2016, 3, 2, 21, 24, 28)
In [16]:
x = modification_date("test 1-31-16.csv")
In [17]:
x
Out[17]:
datetime.datetime(2016, 3, 7, 11, 33, 17)
In [18]:
print(x)
2016-03-07 11:33:17
In [20]:
"test\ 1-31-16.csv"
Out[20]:
'test\\ 1-31-16.csv'
In [25]:
import csv
afile = open('test 1-31-16.csv', 'r+')
csvReader1 = csv.reader(afile)
print(csvReader1)
<_csv.reader object at 0x104f46208>
In [30]:
pd.read_csv("test 1-31-16.csv", encoding = "utf-16", nrows=1, sep = '\t')
Out[30]:
Date
1/31/16
User
Dealer
Unnamed: 4
Unnamed: 5
Unnamed: 6
Unnamed: 7
Unnamed: 8
Unnamed: 9
...
Unnamed: 34
Unnamed: 35
Unnamed: 36
Unnamed: 37
Unnamed: 38
Unnamed: 39
Unnamed: 40
Unnamed: 41
Unnamed: 42
Unnamed: 43
0
Time
1:24:53 PM
Software version: 5.3
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
...
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
1 rows × 44 columns
In [ ]:
data = pd.read_csv("names.csv", nrows=1)
In [31]:
def instrument2_cleanup():
"""
Takes file csv file from instrument 2 and cleans it up. spits out a .csv
file titled instrument_3.
"""
instrument_2 = pd.read_csv("test 1-31-16.csv", encoding = "utf-16", skiprows=8, sep = '\t')
instrument_2 = instrument_2.ix[1:]
instrument_2 = instrument_2[instrument_2["Sample/ctrl ID"].str.contains("R1")]
instrument_2.to_csv("instrument_3", sep = ",", index_label=False)
return instrument_2
In [33]:
instrument2_cleanup()
Out[33]:
Sample/ctrl ID
Pat/Ctr/cAl
Test name
Test type
Result
Result unit
Result time
STAT
Status
Errors
...
Blank abs. 5
Blank abs. 6
Blank abs. 7
Blank abs. 8
Blank abs. 9
Blank abs. 10
Blank abs. 11
Blank abs. 12
Rate (A/min)
Calibrator conc.
45
R1 Inf Dil
P
Ammon H UW
P
11.75793
mg/l
1/31/16 11:02
NaN
AR
3,5,19,21,
...
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
46
R1 Inf Dil
P
Ammon L UW
P
6339.24200
U/l
1/31/16 11:03
NaN
AR
3,5,19,21,
...
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
47
R1 2/17/16 12:00
P
Ammon H UW
P
11.75410
mg/l
1/31/16 11:04
NaN
AR
3,5,19,21,
...
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
48
R1 Inf Dil
P
TON H UW
P
1.49991
mg/l
1/31/16 11:04
NaN
MA
NaN
...
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
49
R1 Inf Dil
P
TON L UW
P
5588.79900
µg/l
1/31/16 11:05
NaN
AR
3,5,19,21,30,
...
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
50
R1 2/17/16 12:00
P
Ammon L UW
P
6328.70900
U/l
1/31/16 11:05
NaN
AR
3,5,19,21,
...
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
51
R1 Inf Dil
P
Nitrite UW
P
2006.83700
µg/l
1/31/16 11:05
NaN
AR
3,5,19,30,
...
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
52
R1 2/17/16 12:00
P
TON H UW
P
1.41084
mg/l
1/31/16 11:05
NaN
MA
NaN
...
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
53
R1 2/17/16 12:00
P
TON L UW
P
5550.36100
µg/l
1/31/16 11:05
NaN
AR
3,5,19,21,30,
...
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
54
R1-A 10 Mins Dil
P
Ammon H UW
P
11.76908
mg/l
1/31/16 11:05
NaN
AR
3,5,19,21,
...
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
55
R1 2/17/16 12:00
P
Nitrite UW
P
2004.08500
µg/l
1/31/16 11:06
NaN
AR
3,5,19,30,
...
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
56
R1-A 10 Mins Dil
P
TON H UW
P
0.70048
mg/l
1/31/16 11:06
NaN
MA
NaN
...
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
57
R1-A 10 Mins Dil
P
TON L UW
P
1519.60900
µg/l
1/31/16 11:06
NaN
AR
5,19,
...
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
58
R1-A 10 Mins Dil
P
Nitrite UW
P
2006.23700
µg/l
1/31/16 11:06
NaN
AR
3,5,19,30,
...
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
59
R1-A 20mins dil
P
TON H UW
P
0.32325
mg/l
1/31/16 11:06
NaN
MA
30,
...
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
60
R1-A 10 Mins Dil
P
Ammon L UW
P
6333.83800
U/l
1/31/16 11:06
NaN
AR
3,5,19,21,
...
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
61
R1-A 20mins dil
P
TON L UW
P
594.21980
µg/l
1/31/16 11:06
NaN
AR
19,
...
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
62
R1-A 20mins dil
P
Ammon H UW
P
11.75163
mg/l
1/31/16 11:07
NaN
AR
3,5,19,21,
...
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
63
R1-A 20mins dil
P
Nitrite UW
P
847.87760
µg/l
1/31/16 11:07
NaN
AR
19,
...
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
64
R1-A 30min dil
P
TON H UW
P
0.04313
mg/l
1/31/16 11:07
NaN
MA
30,
...
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
65
R1-A 20mins dil
P
Ammon L UW
P
6328.12700
U/l
1/31/16 11:07
NaN
AR
3,5,19,21,
...
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
66
R1-A 30min dil
P
Nitrite UW
P
78.79675
µg/l
1/31/16 11:07
NaN
MA
NaN
...
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
67
R1-A 30min dil
P
TON L UW
P
123.42090
µg/l
1/31/16 11:07
NaN
MA
NaN
...
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
68
R1-A 40mins dil
P
TON H UW
P
0.03002
mg/l
1/31/16 11:07
NaN
MA
30,
...
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
69
R1-A 30min dil
P
Ammon H UW
P
11.76631
mg/l
1/31/16 11:07
NaN
AR
3,5,19,21,
...
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
70
R1-A 40mins dil
P
TON L UW
P
113.23430
µg/l
1/31/16 11:08
NaN
MA
NaN
...
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
71
R1-A 40mins dil
P
Nitrite UW
P
-49.65353
µg/l
1/31/16 11:08
NaN
MA
30,
...
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
72
R1-A 30min dil
P
Ammon L UW
P
6326.72300
U/l
1/31/16 11:08
NaN
AR
3,5,19,21,
...
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
73
R1-A 40mins dil
P
Ammon H UW
P
11.77785
mg/l
1/31/16 11:08
NaN
AR
3,5,19,21,
...
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
74
R1-A 40mins dil
P
Ammon L UW
P
6334.00200
U/l
1/31/16 11:09
NaN
AR
3,5,19,21,
...
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
139
R1-A 10mins
P
TON H UW
P
69.26769
mg/l
1/31/16 11:57
NaN
MA
NaN
...
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
140
R1-A 10mins
P
Ammon H UW
P
588.49910
mg/l
1/31/16 11:57
NaN
MA
3,5,21,
...
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
141
R1-A 10mins
P
TON L UW
P
292181.80000
µg/l
1/31/16 11:57
NaN
MA
3,5,21,30,
...
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
142
R1-A 10mins
P
Ammon L UW
P
316440.30000
U/l
1/31/16 11:58
NaN
MA
3,5,21,
...
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
143
R1-A 20mins
P
TON H UW
P
23.88291
mg/l
1/31/16 11:58
NaN
MA
30,
...
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
144
R1-A 20mins
P
TON L UW
P
67610.77000
µg/l
1/31/16 11:58
NaN
MA
21,
...
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
145
R1 Post Feed
P
Nitrite UW
P
61736.29000
µg/l
1/31/16 11:58
NaN
MA
3,5,21,
...
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
146
R1-A 20mins
P
Ammon H UW
P
587.75020
mg/l
1/31/16 11:58
NaN
MA
3,5,21,
...
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
147
R1-A 30mins
P
TON L UW
P
8686.50900
µg/l
1/31/16 11:58
NaN
MA
NaN
...
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
148
R1-A 20mins
P
Ammon L UW
P
316332.50000
U/l
1/31/16 11:59
NaN
MA
3,5,21,
...
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
149
R1-A 10mins
P
Nitrite UW
P
100181.20000
µg/l
1/31/16 11:59
NaN
MA
3,5,21,30,
...
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
150
R1-A 30mins
P
Ammon H UW
P
587.62510
mg/l
1/31/16 12:00
NaN
MA
3,5,21,
...
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
151
R1-A 20mins
P
Nitrite UW
P
61899.24000
µg/l
1/31/16 12:00
NaN
MA
3,5,21,
...
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
152
R1-A 30mins
P
Ammon L UW
P
315995.90000
U/l
1/31/16 12:00
NaN
MA
3,5,21,
...
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
153
R1-A 30mins
P
Nitrite UW
P
10744.80000
µg/l
1/31/16 12:00
NaN
MA
NaN
...
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
154
R1-A 40 mins
P
Nitrite UW
P
4798.63300
µg/l
1/31/16 12:01
NaN
MA
NaN
...
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
155
R1-A 40 mins
P
Ammon H UW
P
587.42750
mg/l
1/31/16 12:01
NaN
MA
3,5,21,
...
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
156
R1-A 40 mins
P
Ammon L UW
P
316007.70000
U/l
1/31/16 12:02
NaN
MA
3,5,21,
...
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
157
R1-A 30min dil
P
Nitrate UW
C
44.62418
µg/l
1/31/16 12:39
NaN
MA
NaN
...
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
158
R1-A 40mins dil
P
Nitrate UW
C
162.88790
µg/l
1/31/16 12:39
NaN
MA
NaN
...
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
159
R1 Inf Dil
P
Nitrate UW
C
-1943.18800
µg/l
1/31/16 12:39
NaN
MA
NaN
...
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
160
R1 2/17/16 12:00
P
Nitrate UW
C
-1903.19600
µg/l
1/31/16 12:39
NaN
MA
NaN
...
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
161
R1-A 10 Mins Dil
P
Nitrate UW
C
-1398.02700
µg/l
1/31/16 12:39
NaN
MA
NaN
...
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
162
R1-A 20mins dil
P
Nitrate UW
C
-647.89820
µg/l
1/31/16 12:39
NaN
MA
NaN
...
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
163
R1-A 40 mins
P
Nitrate UW
C
-1698.47900
µg/l
1/31/16 12:39
NaN
MA
NaN
...
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
164
R1 Inf
P
Nitrate UW
C
232666.50000
µg/l
1/31/16 12:39
NaN
MA
NaN
...
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
165
R1 Post Feed
P
Nitrate UW
C
244095.30000
µg/l
1/31/16 12:39
NaN
MA
NaN
...
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
166
R1-A 10mins
P
Nitrate UW
C
192000.60000
µg/l
1/31/16 12:39
NaN
MA
NaN
...
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
167
R1-A 20mins
P
Nitrate UW
C
5711.53100
µg/l
1/31/16 12:39
NaN
MA
NaN
...
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
168
R1-A 30mins
P
Nitrate UW
C
-2058.29400
µg/l
1/31/16 12:39
NaN
MA
NaN
...
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
NaN
124 rows × 44 columns
In [ ]:
Content source: manewton/BioReactor-Data-Logging
Similar notebooks: