In [1]:
from ga4gh.client import client

c = client.HttpClient("http://1kgenomes.ga4gh.org")

In [3]:
len(list(c.searchReads(referenceId="WyJOQ0JJMzciLCIxIl0", readGroupIds=[ 'WyIxa2dlbm9tZXMiLCJyZ3MiLCJOQTE5MTAyIiwiU1JSMDIzMzAwIl0',
  'WyIxa2dlbm9tZXMiLCJyZ3MiLCJOQTE5MTAyIiwiU1JSMDMyODU0Il0',
  'WyIxa2dlbm9tZXMiLCJyZ3MiLCJOQTE5MTAyIiwiU1JSMDMyODU1Il0',
  'WyIxa2dlbm9tZXMiLCJyZ3MiLCJOQTE5MTAyIiwiU1JSNzg4NjIyIl0',
  'WyIxa2dlbm9tZXMiLCJyZ3MiLCJOQTE5MTAyIiwiU1JSNzg4NjIzIl0',
  'WyIxa2dlbm9tZXMiLCJyZ3MiLCJOQTE5MTAyIiwiU1JSNzg4NjMyIl0',
  'WyIxa2dlbm9tZXMiLCJyZ3MiLCJOQTE5MTAyIiwiU1JSNzg4NjQzIl0',
  'WyIxa2dlbm9tZXMiLCJyZ3MiLCJOQTE5MTAyIiwiU1JSNzg4NjUxIl0',
  'WyIxa2dlbm9tZXMiLCJyZ3MiLCJOQTE5MTAyIiwiU1JSNzg4NjU0Il0',
  'WyIxa2dlbm9tZXMiLCJyZ3MiLCJOQTE5MTAyIiwiU1JSNzg4NjYwIl0',
  'WyIxa2dlbm9tZXMiLCJyZ3MiLCJOQTE5MTAyIiwiU1JSNzg4NjYzIl0',
  'WyIxa2dlbm9tZXMiLCJyZ3MiLCJOQTE5MTAyIiwiU1JSNzg4NjcwIl0',
  'WyIxa2dlbm9tZXMiLCJyZ3MiLCJOQTE5MTAyIiwiU1JSNzg4NjgxIl0',
  'WyIxa2dlbm9tZXMiLCJyZ3MiLCJOQTE5MTAyIiwiU1JSNzg4Njg0Il0',
  'WyIxa2dlbm9tZXMiLCJyZ3MiLCJOQTE5MTAyIiwiU1JSNzg4Njg2Il0',
  'WyIxa2dlbm9tZXMiLCJyZ3MiLCJOQTE5MTAyIiwiU1JSNzg4Njg4Il0',
  'WyIxa2dlbm9tZXMiLCJyZ3MiLCJOQTE5MTAyIiwiU1JSNzg4NjkwIl0',
  'WyIxa2dlbm9tZXMiLCJyZ3MiLCJOQTE5MTAyIiwiU1JSNzg4Njk3Il0',
  'WyIxa2dlbm9tZXMiLCJyZ3MiLCJOQTE5MTAyIiwiU1JSNzg4NzEwIl0' ], start=10100, end=10111)))


Out[3]:
755

In [4]:
import pysam

In [5]:
url = "http://s3.amazonaws.com/1000genomes/phase3/data/NA19102/alignment/NA19102.mapped.ILLUMINA.bwa.YRI.low_coverage.20130415.bam"

In [7]:
amazonalignments = pysam.AlignmentFile(url)

In [9]:
len(list(amazonalignments.fetch("1", 10100, 10111)))


Out[9]:
755

In [ ]: