In [1]:

    

import sys
sys.path.insert(0, '../..')
import numpy as np
import allel; print(allel.__version__)


    

    




0.20.3

In [2]:

    

h = allel.HaplotypeArray([[0, 1], [1, 0]])
h


    

    
Out[2]:





HaplotypeArray((2, 2), dtype=int64)



0
1




0
0
1


1
1
0

In [3]:

    

%matplotlib inline
import matplotlib.pyplot as plt


    

In [4]:

    

h.reshape(-1)


    

    
Out[4]:





array([0, 1, 1, 0])

In [5]:

    

h.flatten()


    

    
Out[5]:





array([0, 1, 1, 0])

In [6]:

    

h.ravel()


    

    
Out[6]:





array([0, 1, 1, 0])

In [7]:

    

plt.pcolormesh(h);


    

In [8]:

    

plt.pcolormesh(h, vmin=0, vmax=1);


    

In [9]:

    

h.T


    

    
Out[9]:





array([[0, 1],
       [1, 0]])

In [10]:

    

h.transpose()


    

    
Out[10]:





array([[0, 1],
       [1, 0]])

In [11]:

    

np.moveaxis(h, 0, 1)


    

    
Out[11]:





array([[0, 1],
       [1, 0]])

In [12]:

    

h.astype('i1')


    

    
Out[12]:





HaplotypeArray((2, 2), dtype=int8)



0
1




0
0
1


1
1
0

In [13]:

    

h.astype('f4')


    

    
Out[13]:





array([[ 0.,  1.],
       [ 1.,  0.]], dtype=float32)

In [ ]: