In [1]:
%matplotlib inline
In [1]:
from nltk import *
from nltk.util import ngrams
from nltk.corpus import stopwords
from nltk.tokenize import WhitespaceTokenizer, RegexpTokenizer
from nltk.stem.porter import *
from collections import Counter
import string
import os
In [42]:
# custom tokenizer
pattern = r'''(?x) # set flag to allow verbose regexps
([A-Z]\.)+ # abbreviations, e.g. U.S.A.
| \w+(-\w+)* # words with optional internal hyphens
| \$?\d+(\.\d+)?%? # currency and percentages, e.g. $12.40, 82%
| \.\.\. # ellipsis
| [][.,;"'?():-_`] # these are separate tokens; includes ], [
'''
In [2]:
text = 'deficiency'
In [12]:
from nltk.stem import WordNetLemmatizer
wordnet_lemmatizer = WordNetLemmatizer()
wordnet_lemmatizer.lemmatize('diseases')
Out[12]:
u'disease'
In [ ]:
download()
showing info https://raw.githubusercontent.com/nltk/nltk_data/gh-pages/index.xml
In [ ]:
pattern = r'''(?x)
\w+(-\w+)*'''
text = 'That U.S.A. poster-print costs $12.40...'
In [ ]:
nltk.regexp_tokenize(text, pattern)
In [3]:
ncbi_dir = nltk.data.find('corpora/ncbi_corpus_nltk')
ncbi = nltk.corpus.PlaintextCorpusReader(ncbi_dir, '.*\.txt', word_tokenizer=WhitespaceTokenizer())
#ncbi = nltk.corpus.PlaintextCorpusReader(ncbi_dir, '.*\.txt', word_tokenizer=RegexpTokenizer(pattern=pattern))
In [132]:
# all to lower case, remove punctuation/parenthesis, remove numbers
punct = set(string.punctuation)
words = [w.lower().rstrip('.,)').strip('(') for w in ncbi.words() if not w.rstrip('.,)').strip('(').isdigit() and w not in punct]
In [60]:
# remove stopwords
words_stop = [w for w in words if w not in stopwords.words('english')]
In [61]:
# remove prose numbers
nums_to_nineteen = ['one', 'two', 'three', 'four', 'five', 'six', 'seven', 'eight', 'nine', 'ten', 'eleven', 'twelve',
'thirteen', 'fourteen', 'fifteen', 'sixteen', 'seventeen', 'eighteen', 'nineteen']
nums_above_nineteen = ['twenty', 'thirty', 'fourty', 'fifty', 'sixty', 'seventy', 'eighty', 'ninety', 'hundred']
words_num = [w for w in words_stop if w not in nums_to_nineteen and
not [num for num in nums_above_nineteen if num in w]]
In [25]:
#words_num
In [62]:
# stemming (lemmatize instead?)
stemmer = PorterStemmer()
words_stem = [stemmer.stem(w) for w in words_num]
In [73]:
# remove series of symbols (e.g., -/-), percentages, and single characters/whitespaces (e.g., n from 'n = 4', p from 'p < 0.01')
symbols = re.compile(r'\W+')
percent = re.compile(r'\d+%')
single = re.compile(r'^\w?$')
regex = [symbols, percent, single]
words_sym = [w for w in words_stem if (not any(rr.search(w) for rr in regex))]
In [74]:
words_sym
Out[74]:
[u'identif',
u'apc2',
u'homologu',
u'adenomat',
u'polyposi',
u'coli',
u'tumour',
u'suppressor',
u'adenomat',
u'polyposi',
u'coli',
u'apc',
u'protein',
u'control',
u'wnt',
u'signal',
u'pathway',
u'form',
u'complex',
u'glycogen',
u'synthas',
u'kinas',
u'3beta',
u'betacatenin',
u'complex',
u'format',
u'induc',
u'rapid',
u'degrad',
u'betacatenin',
u'colon',
u'carcinoma',
u'cell',
u'loss',
u'apc',
u'lead',
u'accumul',
u'betacatenin',
u'nucleu',
u'bind',
u'activ',
u'transcript',
u'factor',
u'review',
u'report',
u'identif',
u'genom',
u'structur',
u'apc',
u'homologu',
u'mammalian',
u'apc2',
u'close',
u'resembl',
u'apc',
u'overal',
u'domain',
u'structur',
u'function',
u'analyz',
u'shown',
u'contain',
u'samp',
u'domain',
u'requir',
u'bind',
u'conductin',
u'like',
u'apc',
u'apc2',
u'regul',
u'format',
u'activ',
u'complex',
u'demonstr',
u'use',
u'transient',
u'transcript',
u'activ',
u'assay',
u'apc',
u'colon',
u'carcinoma',
u'cell',
u'human',
u'apc2',
u'map',
u'chromosom',
u'19p13',
u'apc',
u'apc2',
u'may',
u'therefor',
u'compar',
u'function',
u'develop',
u'cancer',
u'common',
u'msh2',
u'mutat',
u'english',
u'north',
u'american',
u'hnpcc',
u'origin',
u'phenotyp',
u'express',
u'sex',
u'specif',
u'differ',
u'colorect',
u'cancer',
u'frequenc',
u'origin',
u'phenotyp',
u'express',
u'germlin',
u'msh2',
u'gene',
u'mutat',
u'previous',
u'identifi',
u'kindr',
u'hereditari',
u'cancer',
u'syndrom',
u'hnpcc',
u'investig',
u'mutat',
u'nt943',
u'disrupt',
u'splice',
u'site',
u'exon',
u'lead',
u'delet',
u'exon',
u'msh2',
u'mrna',
u'repres',
u'frequent',
u'msh2',
u'mutat',
u'far',
u'report',
u'although',
u'mutat',
u'initi',
u'detect',
u'colorect',
u'cancer',
u'famili',
u'analys',
u'eastern',
u'england',
u'extens',
u'analysi',
u'reduc',
u'frequenc',
u'english',
u'hnpcc',
u'kindr',
u'analys',
u'contrast',
u'msh2',
u'mutat',
u'identifi',
u'separ',
u'identifi',
u'colorect',
u'famili',
u'newfoundland',
u'investig',
u'origin',
u'mutat',
u'colorect',
u'cancer',
u'famili',
u'england',
u'newfoundland',
u'unit',
u'state',
u'haplotyp',
u'analysi',
u'use',
u'microsatellit',
u'marker',
u'link',
u'msh2',
u'perform',
u'within',
u'english',
u'us',
u'famili',
u'littl',
u'evid',
u'recent',
u'common',
u'origin',
u'msh2',
u'splice',
u'site',
u'mutat',
u'famili',
u'contrast',
u'common',
u'haplotyp',
u'identifi',
u'flank',
u'marker',
u'ca5',
u'd2s288',
u'newfoundland',
u'famili',
u'find',
u'suggest',
u'founder',
u'effect',
u'within',
u'newfoundland',
u'similar',
u'report',
u'other',
u'mlh1',
u'mutat',
u'finnish',
u'hnpcc',
u'famili',
u'calcul',
u'age',
u'relat',
u'risk',
u'colorect',
u'endometri',
u'ovarian',
u'cancer',
u'nt943',
u'msh2',
u'mutat',
u'carrier',
u'patient',
u'men',
u'women',
u'separ',
u'sex',
u'combin',
u'penetr',
u'age',
u'year',
u'cancer',
u'colorect',
u'cancer',
u'respect',
u'risk',
u'colorect',
u'cancer',
u'significantli',
u'higher',
u'male',
u'femal',
u'age',
u'year',
u'respect',
u'femal',
u'high',
u'risk',
u'endometri',
u'cancer',
u'age',
u'year',
u'premenopaus',
u'ovarian',
u'cancer',
u'year',
u'intersex',
u'differ',
u'colorect',
u'cancer',
u'risk',
u'implic',
u'screen',
u'programm',
u'attempt',
u'identifi',
u'colorect',
u'cancer',
u'suscept',
u'modifi',
u'age',
u'onset',
u'huntington',
u'diseas',
u'sex',
u'specif',
u'influenc',
u'apolipoprotein',
u'genotyp',
u'normal',
u'cag',
u'repeat',
u'length',
u'age',
u'onset',
u'ao',
u'huntington',
u'diseas',
u'hd',
u'known',
u'correl',
u'length',
u'expand',
u'cag',
u'repeat',
u'hd',
u'gene',
u'apolipoprotein',
u'apo',
u'genotyp',
u'turn',
u'known',
u'influenc',
u'ao',
u'alzheim',
u'diseas',
u'render',
u'apo',
u'gene',
u'like',
u'candid',
u'affect',
u'ao',
u'neurolog',
u'diseas',
u'therefor',
u'determin',
u'apo',
u'genotyp',
u'normal',
u'cag',
u'repeat',
u'length',
u'hd',
u'gene',
u'hd',
u'patient',
u'previous',
u'analys',
u'respect',
u'cag',
u'repeat',
u'length',
u'genotyp',
u'apo',
u'perform',
u'blind',
u'clinic',
u'inform',
u'addit',
u'highlight',
u'effect',
u'normal',
u'repeat',
u'length',
u'upon',
u'ao',
u'matern',
u'inherit',
u'hd',
u'male',
u'patient',
u'show',
u'apo',
u'epsilon2epsilon3',
u'genotyp',
u'associ',
u'significantli',
u'earlier',
u'ao',
u'male',
u'femal',
u'sex',
u'differ',
u'ao',
u'appar',
u'apo',
u'genotyp',
u'find',
u'suggest',
u'subtl',
u'differ',
u'cours',
u'neurodegener',
u'hd',
u'may',
u'allow',
u'interact',
u'gene',
u'exert',
u'gender',
u'specif',
u'effect',
u'upon',
u'ao',
u'famili',
u'defici',
u'seventh',
u'compon',
u'complement',
u'associ',
u'recurr',
u'bacterem',
u'infect',
u'due',
u'neisseria',
u'serum',
u'old',
u'woman',
u'recent',
u'episod',
u'dissemin',
u'gonococc',
u'infect',
u'histori',
u'meningococc',
u'mening',
u'arthriti',
u'child',
u'found',
u'lack',
u'serum',
u'hemolyt',
u'complement',
u'activ',
u'seventh',
u'compon',
u'complement',
u'c7',
u'detect',
u'function',
u'immunochem',
u'assay',
u'wherea',
u'compon',
u'normal',
u'hemolyt',
u'immunochem',
u'assess',
u'fresh',
u'serum',
u'lack',
u'bactericid',
u'activ',
u'neisseria',
u'gonorrhoea',
u'addit',
u'fresh',
u'normal',
u'serum',
u'purifi',
u'c7',
u'restor',
u'bactericid',
u'activ',
u'well',
u'hemolyt',
u'activ',
u'absenc',
u'function',
u'c7',
u'activ',
u'could',
u'account',
u'basi',
u'inhibitor',
u'opson',
u'gener',
u'chemotact',
u'activ',
u'function',
u'normal',
u'complet',
u'absenc',
u'c7',
u'also',
u'found',
u'sibl',
u'clinic',
u'syndrom',
u'meningococc',
u'mening',
u'arthriti',
u'child',
u'sibl',
u'clinic',
u'well',
u'son',
u'hla',
u'histocompat',
u'type',
u'famili',
u'member',
u'demonstr',
u'evid',
u'genet',
u'linkag',
u'c7',
u'defici',
u'major',
u'histocompat',
u'loci',
u'report',
u'repres',
u'first',
u'case',
u'c7',
u'defici',
u'associ',
u'infecti',
u'complic',
u'suggest',
u'bactericid',
u'activ',
u'may',
u'import',
u'host',
u'defens',
u'bacterem',
u'neisseria',
u'infect',
u'increas',
u'incid',
u'cancer',
u'patient',
u'hypoplasia',
u'object',
u'previou',
u'report',
u'suggest',
u'increas',
u'risk',
u'cancer',
u'among',
u'patient',
u'hypoplasia',
u'chh',
u'studi',
u'carri',
u'evalu',
u'risk',
u'among',
u'patient',
u'chh',
u'rel',
u'studi',
u'design',
u'patient',
u'chh',
u'identifi',
u'countrywid',
u'epidemiolog',
u'survey',
u'parent',
u'nonaffect',
u'sibl',
u'identifi',
u'popul',
u'regist',
u'center',
u'cohort',
u'underw',
u'cancer',
u'incid',
u'finnish',
u'cancer',
u'registri',
u'end',
u'result',
u'statist',
u'signific',
u'excess',
u'risk',
u'cancer',
u'seen',
u'among',
u'patient',
u'chh',
u'standard',
u'incid',
u'ratio',
u'confid',
u'interv',
u'mainli',
u'attribut',
u'lymphoma',
u'standard',
u'incid',
u'ratio',
u'confid',
u'interv',
u'addit',
u'signific',
u'excess',
u'risk',
u'basal',
u'cell',
u'carcinoma',
u'seen',
u'standard',
u'incid',
u'ratio',
u'confid',
u'interv',
u'cancer',
u'incid',
u'among',
u'sibl',
u'parent',
u'differ',
u'averag',
u'cancer',
u'incid',
u'finnish',
u'popul',
u'conclus',
u'studi',
u'confirm',
u'increas',
u'risk',
u'cancer',
u'especi',
u'lymphoma',
u'probabl',
u'attribut',
u'defect',
u'immun',
u'among',
u'patient',
u'chh',
u'genotyp',
u'phenotyp',
u'patient',
u'dihydropyrimidin',
u'dehydrogenas',
u'defici',
u'dihydropyrimidin',
u'dehydrogenas',
u'dpd',
u'defici',
u'autosom',
u'recess',
u'diseas',
u'characteris',
u'homozyg',
u'defici',
u'patient',
u'associ',
u'variabl',
u'clinic',
u'phenotyp',
u'order',
u'understand',
u'genet',
u'phenotyp',
u'basi',
u'dpd',
u'defici',
u'review',
u'famili',
u'present',
u'patient',
u'complet',
u'defici',
u'dpd',
u'group',
u'patient',
u'differ',
u'mutat',
u'identifi',
u'includ',
u'delet',
u'mutat',
u'1g',
u'missens',
u'mutat',
u'85t',
u'703c',
u'2658g',
u'2983g',
u'analysi',
u'preval',
u'variou',
u'mutat',
u'among',
u'dpd',
u'patient',
u'shown',
u'point',
u'mutat',
u'invari',
u'splice',
u'donor',
u'site',
u'far',
u'common',
u'wherea',
u'mutat',
u'less',
u'frequent',
u'observ',
u'larg',
u'phenotyp',
u'variabl',
u'observ',
u'convuls',
u'disord',
u'motor',
u'retard',
u'mental',
u'retard',
u'abund',
u'manifest',
u'clear',
u'correl',
u'genotyp',
u'phenotyp',
u'establish',
u'alter',
u'uracil',
u'thymin',
u'homeostasi',
u'might',
u'underli',
u'variou',
u'clinic',
u'abnorm',
u'encount',
u'patient',
u'dpd',
u'defici',
u'fibroblast',
u'growth',
u'factor',
u'homolog',
u'factor',
u'gene',
u'structur',
u'express',
u'map',
u'syndrom',
u'region',
u'xq26',
u'delin',
u'duplic',
u'breakpoint',
u'patient',
u'syndrom',
u'bfl',
u'syndrom',
u'mental',
u'retard',
u'map',
u'linkag',
u'q26',
u'region',
u'human',
u'chromosom',
u'identifi',
u'male',
u'patient',
u'featur',
u'duplic',
u'dup',
u'q26q28',
u'inherit',
u'phenotyp',
u'normal',
u'mother',
u'fluoresc',
u'situ',
u'hybridis',
u'use',
u'yeast',
u'artifici',
u'chromosom',
u'clone',
u'xq26',
u'localis',
u'duplic',
u'breakpoint',
u'approxim',
u'interv',
u'xq26',
u'region',
u'dxs155',
u'databas',
u'search',
u'analysi',
u'avail',
u'genom',
u'dna',
u'sequenc',
u'region',
u'reveal',
u'presenc',
u'fibroblast',
u'growth',
u'factor',
u'homolog',
u'factor',
u'gene',
u'fhf2',
u'within',
u'duplic',
u'breakpoint',
u'interv',
u'gene',
u'structur',
u'fhf2',
u'determin',
u'new',
u'exon',
u'identifi',
u'includ',
u'new',
u'end',
u'exon',
u'1b',
u'fhf2',
u'larg',
u'gene',
u'extend',
u'approxim',
u'kb',
u'xq26',
u'compos',
u'least',
u'exon',
u'show',
u'altern',
u'splice',
u'altern',
u'transcript',
u'start',
u'northern',
u'blot',
u'hybridis',
u'show',
u'highest',
u'express',
u'brain',
u'skelet',
u'muscl',
u'fhf2',
u'gene',
u'localis',
u'express',
u'pattern',
u'suggest',
u'candid',
u'gene',
u'famili',
u'case',
u'bfl',
u'syndrom',
u'syndrom',
u'form',
u'mental',
u'retard',
u'map',
u'region',
u'germlin',
u'gene',
u'cdh1',
u'mutat',
u'predispos',
u'famili',
u'gastric',
u'cancer',
u'colorect',
u'cancer',
u'inherit',
u'mutat',
u'gene',
u'cdh1',
u'describ',
u'recent',
u'maori',
u'kindr',
u'famili',
u'gastric',
u'cancer',
u'famili',
u'gastric',
u'cancer',
u'genet',
u'heterogen',
u'clear',
u'proport',
u'gastric',
u'cancer',
u'suscept',
u'popul',
u'due',
u'germlin',
u'cdh1',
u'mutat',
u'therefor',
u'screen',
u'famili',
u'gastric',
u'cancer',
u'kindr',
u'british',
u'irish',
u'origin',
u'germlin',
u'cdh1',
u'mutat',
u'sscp',
u'analysi',
u'exon',
u'flank',
u'sequenc',
u'famili',
u'contain',
u'case',
u'gastric',
u'cancer',
u'first',
u'degre',
u'rel',
u'affect',
u'age',
u'ii',
u'case',
u'gastric',
u'cancer',
u'novel',
u'germlin',
u'cdh1',
u'mutat',
u'nonsens',
u'splice',
u'site',
u'detect',
u'famili',
u'mutat',
u'predict',
u'truncat',
u'protein',
u'signal',
u'peptid',
u'domain',
u'famili',
u'evid',
u'suscept',
u'gastric',
u'colorect',
u'thu',
u'addit',
u'case',
u'gastric',
u'cancer',
u'cdh1',
u'mutat',
u'carrier',
u'develop',
u'colorect',
u'cancer',
u'age',
u'year',
u'confirm',
u'germlin',
u'mutat',
u'cdh1',
u'gene',
u'caus',
u'famili',
u'gastric',
u'cancer',
u'popul',
u'howev',
u'minor',
u'famili',
u'gastric',
u'cancer',
u'account',
u'cdh1',
u'mutat',
u'loss',
u'function',
u'implic',
u'pathogenesi',
u'sporad',
u'colorect',
u'cancer',
u'find',
u'provid',
u'evid',
u'germlin',
...]
In [ ]:
# deal with mention of genes, things like Gd (+)/Gd (-), etc.
In [75]:
print words_stop[0:5]
print words_stem[0:5]
print words_sym[0:5]
[u'identification', u'apc2', u'homologue', u'adenomatous', u'polyposis']
[u'identif', u'apc2', u'homologu', u'adenomat', u'polyposi']
[u'identif', u'apc2', u'homologu', u'adenomat', u'polyposi']
In [76]:
counts = Counter()
for w in words_sym:
counts[w] += 1
In [80]:
fd = nltk.FreqDist(words_sym)
fd.plot(30, cumulative=False)
In [ ]:
## multi-word expression tokenizer
#Multi-Word Expression Tokenizer
#A MWETokenizer takes a string which has already been divided into tokens and retokenizes it,
#merging multi-word expressions into single tokens, using a lexicon of MWEs:
##### maybe take the set of disease mentions and use these as lexicon of MWEs
#>>> from nltk.tokenize import MWETokenizer
#>>> tokenizer = MWETokenizer([('a', 'little'), ('a', 'little', 'bit'), ('a', 'lot')])
#>>> tokenizer.add_mwe(('in', 'spite', 'of'))
In [88]:
counts
Out[88]:
Counter({u'polypeptid': 8,
u'exencephalu': 2,
u'apoc2': 16,
u'asian': 7,
u'apoc1': 1,
u'repetit': 1,
u'gavag': 1,
u'whose': 15,
u'accur': 6,
u'd1s491': 1,
u'hemolysi': 4,
u'4p16': 8,
u'chenodeoxychol': 2,
u'p65l': 4,
u'fige': 2,
u'downstream': 10,
u'irrinki': 2,
u'osteoblast': 1,
u'pigment': 24,
u'affect': 219,
u'hitch': 1,
u'leukoid': 1,
u'vast': 3,
u'fhm': 4,
u'inbr': 1,
u'disturb': 3,
u'sensor': 1,
u'upd': 5,
u'fhc': 2,
u'correct': 6,
u'2p25': 1,
u'heteroallel': 1,
u'vector': 7,
u'cholesterol': 21,
u'chylomicronemia': 1,
u'ivs12n1': 1,
u'cpxr318': 2,
u'bacon': 1,
u'histor': 4,
u'second': 43,
u'aggreg': 6,
u'illumin': 1,
u'even': 15,
u'neo': 1,
u'ivs10nt546': 1,
u'homeostasi': 9,
u'neg': 32,
u'asid': 1,
u'transcrib': 9,
u'asia': 3,
u'centromer': 12,
u'new': 133,
u'aoii': 1,
u'ongo': 2,
u'elimin': 11,
u'intellectu': 1,
u'ophthalm': 3,
u'men': 11,
u'ferrou': 1,
u'delchev': 1,
u'q14': 3,
u'china': 5,
u'mep': 4,
u'q13': 3,
u'q12': 2,
u'pancreat': 3,
u'neurodegen': 10,
u'vogelstein': 1,
u'anonym': 8,
u'interpret': 4,
u'duoden': 9,
u'deterior': 3,
u'mellitu': 5,
u'deregul': 3,
u'arg243': 1,
u'dri': 1,
u'permit': 10,
u'rsca3': 1,
u'drd': 1,
u'omax': 1,
u'interferon': 2,
u'angelman': 8,
u'oncogenesi': 1,
u'nonneonat': 2,
u'subretin': 2,
u'avenu': 2,
u'spinocerebellar': 6,
u'instabl': 33,
u'erythroblast': 1,
u'unit': 12,
u'dna': 240,
u'monosov': 1,
u'myogen': 7,
u'call': 14,
u'recommend': 4,
u'strike': 7,
u'type': 144,
u'dxs52': 5,
u'relat': 37,
u'notic': 1,
u'herein': 5,
u'grandfath': 6,
u'adult': 31,
u'loss': 107,
u'stopcodon': 2,
u'aalpha': 1,
u'thymin': 2,
u'thymic': 1,
u'conceptu': 1,
u'e482k': 1,
u'dmpk': 29,
u'cytochrom': 3,
u'photomicrograph': 1,
u'root': 7,
u'newfoundland': 6,
u'kinet': 9,
u'give': 17,
u'virtu': 1,
u'infus': 4,
u'malign': 19,
u'962del4': 1,
u'caution': 1,
u'want': 1,
u'l1cam': 1,
u'seborrho': 1,
u'bimod': 1,
u'classifi': 3,
u'craniofaci': 3,
u'intestin': 8,
u'w27': 3,
u'hot': 5,
u'confin': 5,
u'confid': 13,
u'alzheim': 1,
u'oscillatori': 1,
u'modest': 1,
u'thr48ile': 1,
u'attempt': 7,
u'vicin': 2,
u'vicia': 1,
u'hpaii': 1,
u'g395r': 1,
u'maintain': 7,
u'd1s249': 1,
u'hyperphenylalaninem': 2,
u'd1s245': 1,
u'lambda': 3,
u'origin': 100,
u'prophylact': 2,
u'hprtyal': 5,
u'appar': 39,
u'vari': 19,
u'ligand': 2,
u'fit': 2,
u'mintier': 1,
u'fix': 2,
u'homozyg': 96,
u'better': 7,
u'persist': 5,
u'hidden': 1,
u'd11s151': 2,
u'anim': 17,
u'therapi': 21,
u'4153dela': 1,
u'accrual': 1,
u'394arg': 1,
u'lyophil': 1,
u'interfamili': 1,
u'promis': 2,
u'parkinson': 1,
u'radiolog': 1,
u'interrupt': 1,
u'bronchial': 1,
u'n314d': 8,
u'col2a1': 6,
u'eczema': 4,
u'mucopolysaccharidosi': 6,
u'localis': 14,
u'thymu': 2,
u'oblig': 15,
u'side': 4,
u'bone': 12,
u'mean': 30,
u'development': 15,
u'macromolecul': 2,
u'apolipoprotein': 19,
u'knockout': 11,
u'aminopeptidas': 1,
u'mda': 1,
u'mdx': 16,
u'immunofluoresc': 3,
u'hemochromatot': 1,
u'extract': 13,
u'xp': 3,
u'histidinemia': 4,
u'rv': 2,
u'gradient': 2,
u'hypotens': 1,
u'odontoma': 1,
u'crucial': 5,
u'content': 8,
u'smn': 1,
u'branch': 3,
u'adapt': 3,
u'rb': 5,
u'quantifi': 1,
u'ro': 1,
u'dsb': 2,
u'kiel': 1,
u'2871delc': 2,
u'hypermethyl': 2,
u'myoton': 71,
u'linear': 2,
u'fava': 2,
u'wherea': 35,
u'intersex': 2,
u'midpoint': 1,
u'immort': 1,
u'lineag': 5,
u'hyopsynthesi': 1,
u'r482h': 1,
u'wfs1': 4,
u'untreat': 2,
u'atg': 2,
u'sigal': 1,
u'r2': 1,
u'ata': 1,
u'atm': 56,
u'att': 1,
u'atherosclerosi': 4,
u'unabl': 5,
u'atp': 3,
u'isl': 3,
u'kamiub': 2,
u'confus': 3,
u'ochronot': 2,
u'breed': 2,
u'rudosem': 1,
u'grade': 3,
u'wasp': 26,
u'vitro': 38,
u'protract': 1,
u'edm1': 1,
u'unlik': 8,
u'edm4': 1,
u'massiv': 4,
u'vascul': 4,
u'radiata': 1,
u'neuromuscular': 7,
u'evolut': 6,
u'biosynthesi': 1,
u'transitori': 1,
u'underlin': 2,
u'similarli': 3,
u'recent': 90,
u'multimer': 2,
u'subclin': 1,
u'danish': 5,
u'edmd': 14,
u'somewhat': 3,
u'paracentr': 1,
u'peculiar': 1,
u'symptom': 27,
u'glycosphingolipid': 2,
u'd5s37': 1,
u'photoreceptor': 13,
u'rectl': 1,
u'magel2': 10,
u'project': 1,
u'matter': 5,
u'tion': 1,
u'proteolyt': 2,
u'dxs42': 6,
u'postnat': 4,
u'aapc': 3,
u'fkhl14': 2,
u'boston': 1,
u'modern': 2,
u'spectrum': 19,
u'chen': 1,
u'seen': 28,
u'seem': 13,
u'seek': 1,
u'dival': 1,
u'nonneuronopath': 1,
u'ricof': 10,
u'norri': 20,
u'hpc1': 5,
u'mxi1': 5,
u'object': 12,
u'regular': 3,
u'vaccinia': 1,
u'breakpoint': 41,
u'oligonucleotid': 14,
u'prematur': 28,
u'tradit': 1,
u'unexplain': 5,
u'dog': 8,
u'hospit': 3,
u'melanocyt': 1,
u'schisi': 1,
u'busselton': 1,
u'came': 1,
u'explan': 9,
u'dr2': 1,
u'probe': 62,
u'transluc': 1,
u'ulcer': 4,
u'frataxin': 17,
u'lethal': 12,
u'mediterranian': 1,
u'despit': 14,
u'hexadecanol': 4,
u'acquir': 2,
u'explain': 26,
u'releas': 7,
u'sugar': 4,
u'explic': 1,
u'rich': 1,
u'rehydr': 2,
u'r261q': 1,
u'stop': 27,
u'coast': 2,
u'd17s78': 1,
u'fgd1': 7,
u'collabor': 3,
u'subcontin': 1,
u'bax': 5,
u'patch': 2,
u'superfamili': 2,
u'chromatograph': 1,
u'grandpatern': 1,
u'nibrin': 7,
u'respond': 3,
u'wt1': 33,
u'encephalopathi': 1,
u'aldehyd': 2,
u'recruit': 2,
u'incoordin': 1,
u'aminoglycosid': 3,
u'result': 380,
u'respons': 105,
u'fail': 16,
u'r483g': 1,
u'best': 2,
u'subject': 87,
u'dinucleotid': 10,
u'coloboma': 1,
u'heterogen': 76,
u'iri': 5,
u'figur': 1,
u'score': 55,
u'epigenotyp': 1,
u'bleach': 1,
u'phosphoglycer': 1,
u'ire': 6,
u'niuean': 1,
u'attribut': 3,
u'inabl': 1,
u'triplet': 9,
u'apoai': 2,
u'extend': 25,
u'm368v': 1,
u'sera': 9,
u'atherogenesi': 2,
u'extens': 20,
u'extent': 13,
u'hypodontia': 2,
u'toler': 2,
u'neuroepithelium': 1,
u'hutterit': 1,
u'agonist': 2,
u'met': 13,
u'adolesc': 5,
u'contractur': 7,
u'ventilatori': 2,
u'metastat': 3,
u'compromis': 2,
u'fluorescein': 2,
u'asp442': 1,
u'height': 2,
u'hydrophil': 1,
u'assum': 2,
u'ether': 1,
u'duplic': 49,
u'recur': 2,
u'union': 1,
u'specul': 3,
u'much': 12,
u'interest': 5,
u'progenitor': 6,
u'bifid': 1,
u'tini': 1,
u'oogenesi': 1,
u'life': 9,
u'regul': 32,
u'retrospect': 5,
u'eastern': 11,
u'grmd': 3,
u'suppress': 5,
u'rgg': 1,
u'mcc': 8,
u'granulosa': 1,
u'fibroblast': 61,
u'k695r': 1,
u'erythema': 1,
u'child': 19,
u'mcr': 1,
u'cys2his2zinc': 1,
u'12q14': 1,
u'dissect': 1,
u'commerci': 2,
u'intak': 1,
u'employ': 10,
u'calcium': 1,
u'near': 16,
u'marriag': 2,
u'viii': 6,
u'risch': 1,
u'postop': 1,
u'occas': 3,
u'endotheli': 1,
u'anchor': 2,
u'ix': 2,
u'a25': 1,
u'mexico': 1,
u'iq': 10,
u'ir': 3,
u'oculocerebroren': 4,
u'iv': 3,
u'ii': 46,
u'hypoplasia': 13,
u'il': 1,
u'in': 3,
u'ia': 2,
u'ic': 4,
u'ib': 6,
u'ie': 1,
u'lmp2a': 1,
u'disappear': 2,
u'precis': 11,
u'dilut': 1,
u'isoelectr': 1,
u'receiv': 4,
u'rheumat': 1,
u'make': 5,
u'format': 28,
u'recncii': 1,
u'xj1': 1,
u'big': 1,
u'dxs72': 2,
u'dxs77': 1,
u'european': 24,
u'elli': 1,
u'cotransport': 10,
u'molecul': 11,
u'prognost': 3,
u'kit': 8,
u'adenoma': 6,
u'prognosi': 3,
u'refin': 13,
u'engin': 2,
u'overt': 1,
u'inherit': 110,
u'qualit': 1,
u'radioimmunoassay': 2,
u'i97': 2,
u'weakli': 3,
u'stimulu': 1,
u'scn4a': 1,
u'programm': 1,
u'controversi': 2,
u'unchang': 2,
u'counti': 1,
u'protocol': 3,
u'golden': 2,
u'linehan': 2,
u'human': 321,
u'sassari': 1,
u'yet': 15,
u'previous': 126,
u'characterist': 47,
u'hal': 2,
u'it15': 4,
u'easi': 2,
u'character': 144,
u'east': 2,
u'hat': 1,
u'alur': 2,
u'deterg': 1,
u'applic': 6,
u'coron': 1,
u'preserv': 3,
u'toxin': 1,
u'clonal': 3,
u'tertiari': 1,
u'birth': 13,
u'iminodipeptiduria': 1,
u'metatrop': 1,
u'measur': 17,
u'specif': 67,
u'transvers': 11,
u'nude': 2,
u'manual': 1,
u'bsssi': 2,
u'quintana': 1,
u'mpkuc': 2,
u'unnecessari': 1,
u'underli': 27,
u'right': 1,
u'old': 11,
u'deal': 1,
u'czech': 1,
u'interv': 47,
u'disord': 171,
u'deaf': 12,
u'maxim': 7,
u'intern': 10,
u'interf': 1,
u'angiogenesi': 1,
u'cryosect': 1,
u'transmiss': 21,
u'mcleod': 9,
u'contrarili': 1,
u'murin': 28,
u'flux': 2,
u'extracrani': 1,
u'subclass': 3,
u'buffer': 3,
u'chimaer': 2,
u'condit': 27,
u'hdac1': 1,
u'hdac2': 1,
u'gl02': 1,
u'dental': 1,
u'undifferenti': 1,
u'promot': 14,
u'dp260': 4,
u'faero': 1,
u'interestingli': 7,
u'ccaat': 2,
u'slightli': 8,
u'medulloblastoma': 3,
u'commit': 2,
u'breakag': 7,
u'sequestr': 1,
u'leptin': 1,
u'encount': 1,
u'creatin': 4,
u'inv11': 1,
u'glycine103': 1,
u'hallmark': 1,
u'son': 8,
u'formerli': 4,
u'degen': 1,
u'nih3t3': 2,
u'hypotonia': 5,
u'genotyp': 35,
u'novo': 19,
u'faciogenit': 1,
u'suffici': 19,
u'support': 70,
u'avail': 19,
u'avaii': 3,
u'fraction': 14,
u'transillumin': 1,
u'mutagenesi': 4,
u'constantli': 1,
u'scali': 1,
u'analysi': 340,
u'form': 106,
u'offer': 5,
u'forc': 1,
u'imperfecta': 5,
u'2513dela': 1,
u'substrat': 12,
u'berk': 1,
u'hyperphenylalaninemia': 5,
u'myopia': 4,
u'l13p': 1,
u'engraft': 1,
u'sampl': 45,
u'titteri': 1,
u'unrel': 72,
u'dissemin': 3,
u'temper': 1,
u'classif': 5,
u'later': 17,
u'classic': 40,
u'congenita': 1,
u'diagnosi': 79,
u'proven': 1,
u'p27kip1': 1,
u'diagnost': 21,
u'khk': 9,
u'exist': 21,
u'laghouat': 1,
u'cytoskeleton': 2,
u'quantiti': 6,
u'myeloneuropathi': 1,
u'amelogenesi': 5,
u'neurophil': 1,
u'excel': 1,
u'akli': 2,
u'microdelet': 8,
u'role': 59,
u'presum': 12,
u'smell': 1,
u'mri': 10,
u'15q': 1,
u'matur': 9,
u'fabri': 2,
u'handicap': 3,
u'uncharacter': 5,
u'willebrand': 22,
u'intens': 1,
u'abrog': 4,
u'cleaver': 1,
u'femal': 83,
u'domingo': 1,
u'furthermor': 22,
u'd11s287e': 1,
u'teeth': 1,
u't274m': 4,
u'daili': 1,
u'corpu': 1,
u'chain': 56,
u'skip': 19,
u'mild': 49,
u'skin': 37,
u'primer': 9,
u'milk': 3,
u'ecorii': 1,
u'catalyt': 5,
u'catalys': 1,
u'aspa': 15,
u'leukem': 1,
u'ribosom': 1,
u'father': 16,
u'catalyz': 7,
u'rel': 72,
u'decis': 1,
u'dxs206': 1,
u'i82': 1,
u'chemotact': 11,
u'pyrin': 1,
u'abetalipoproteinemia': 5,
u'recognis': 3,
u'yeast': 16,
u'pichia': 1,
u'embark': 1,
u'insolubl': 1,
u'exact': 2,
u'nephropathi': 6,
u'p5s1': 1,
u'knockin': 1,
u'die': 7,
u'mb': 11,
u'immunochem': 7,
u'magnet': 4,
u'hypobetalipoproteinemia': 8,
u'round': 2,
u'dir': 2,
u'recombin': 90,
u'burkitt': 1,
u'prevent': 12,
u'oncogen': 13,
u'mn': 3,
u'trisomi': 4,
u'imbert': 1,
u'microsequenc': 1,
u'autolog': 3,
u'compens': 3,
u's19': 1,
u'sign': 15,
u'villu': 2,
u'intronless': 1,
u'hexosaminidas': 6,
u'bovin': 3,
u'r778l': 3,
u'energi': 3,
u'psigldc': 5,
u'favour': 2,
u'current': 14,
u'erg': 22,
u'suspect': 5,
u'norrin': 2,
u'deriv': 35,
u'a456p': 1,
u'guangzhou': 1,
u'aldrp': 6,
u'purin': 7,
u'modif': 7,
u'splice': 123,
u'address': 2,
u'drainag': 2,
u'along': 11,
u'stem': 6,
u'pisticci': 1,
u'box': 4,
u'hbl': 5,
u'p57kip2': 2,
u'cgp57148b': 3,
u'canadian': 5,
u'shift': 8,
u'worldwid': 5,
u'rhodopsin': 2,
u'haeiii': 2,
u'women': 25,
u'cyst': 4,
u'dominantli': 9,
u'commonli': 2,
u'br': 2,
u'proportion': 1,
u'modul': 6,
u'purul': 1,
u'leav': 5,
u'ipw': 1,
u'eccentr': 1,
u'retinopathi': 1,
u'nonspherocyt': 6,
u'resorpt': 1,
u'univers': 2,
u'visit': 1,
u'increas': 126,
u'actin': 6,
u'tightli': 11,
u'nebulin': 7,
u'e390g': 2,
u'afford': 1,
u'peopl': 11,
u'juvenil': 4,
u'enhanc': 6,
u'visual': 12,
u'tandem': 5,
u'examin': 78,
u'punctat': 3,
u'effort': 2,
u'stain': 9,
u'tp53': 12,
u'tokyo': 1,
u'kaelin': 1,
u'decay': 1,
u'desmoplast': 2,
u'sarcoplasm': 1,
u'uniqu': 25,
u'whatev': 1,
u'franc': 3,
u'materi': 5,
u'problemat': 1,
u'kx': 1,
u'complimentari': 1,
u'endocrin': 1,
u'genesi': 2,
u'14q': 7,
u'predict': 57,
u'agent': 7,
u'rbap46': 1,
u'immunolog': 9,
u'bacteriolysi': 1,
u'coincident': 1,
u'r59h': 1,
u'rbap48': 1,
u'strikingli': 4,
u's9': 1,
u'subnorm': 3,
u'sufat': 1,
u'variou': 24,
u'fpc': 1,
u'meshwork': 1,
u'dryja': 1,
u'3q22q23': 2,
u'pure': 2,
u'dr47': 1,
u'pathway': 24,
u'undertook': 1,
u'map': 169,
u'nondefici': 1,
u'may': 180,
u'max': 5,
u'spot': 9,
u'mab': 6,
u'mae': 1,
u'snp': 2,
u'date': 15,
u'suck': 1,
u'data': 110,
u'grow': 1,
u'mao': 3,
u'man': 15,
u'stress': 4,
u'nitroblu': 1,
u'irradi': 3,
u'wheelchair': 2,
u'gestat': 1,
u'switch': 2,
u'coexpress': 3,
u'deposit': 5,
u'african': 13,
u'purifi': 15,
u'regimen': 2,
u'se': 1,
u'scotoma': 2,
u'zmax': 6,
u'thrombophil': 2,
u'gradual': 2,
u'dmt1': 12,
u'kimmel': 1,
u'solubl': 3,
u'ttc': 2,
u'epilepsi': 2,
u'entiti': 7,
u'dxs10': 4,
u'reinforc': 2,
u'dxs15': 1,
u'monitor': 3,
u'dxs16': 3,
u'3600del11': 1,
u'w24': 1,
u'dysfunct': 13,
u'main': 6,
u'ascrib': 1,
u'recoveri': 4,
u'chromatin': 4,
u'uniparent': 7,
u'hypersensit': 4,
u'initi': 27,
u'nation': 1,
u'interview': 1,
u'nbs1': 7,
u'therebi': 4,
u'verifi': 4,
u'cryptorchid': 1,
u'possess': 13,
u'anteced': 1,
u'revers': 12,
u'revert': 2,
u'separ': 21,
u'maher': 2,
u'cdk4': 6,
u'xlt': 4,
u'xlr': 5,
u'metachromat': 11,
u'cetp': 40,
u'fistula': 1,
u'radioassay': 1,
u'continu': 8,
u'yield': 11,
u'girl': 10,
u'adren': 10,
u'canada': 6,
u'sensorineur': 8,
u'alpha1': 2,
u'endogam': 1,
u'tyr180': 1,
u'dutch': 11,
u'camperdown': 2,
u'hepatocyt': 1,
u'hypopig': 1,
u'diseas': 418,
u'cosegreg': 3,
u'domest': 1,
u'million': 6,
u'seventh': 10,
u'heterochromatin': 2,
u'gotz': 1,
u'tursi': 1,
u'frequenc': 100,
u'recov': 1,
u'principl': 1,
u'1p36': 1,
u'frequent': 53,
u'first': 86,
u'oper': 1,
u'neurit': 1,
u'carri': 80,
u'distal': 32,
u'd2s5': 1,
u'mammari': 5,
u'housekeep': 3,
u'one': 1,
u'acquisit': 1,
u'biol': 2,
u'spanish': 7,
u'oppos': 3,
u'open': 5,
u'd1s2777': 1,
u'convent': 5,
u'osteolyt': 1,
u'ambul': 1,
u'1b': 2,
u'cassett': 2,
u'demonstr': 124,
u'1g': 1,
u'fmf': 30,
u'myfh1p': 8,
u'cite': 2,
u'connat': 1,
u'ambulatori': 1,
u'hyperuricemia': 2,
u'provinc': 4,
u'gch1': 9,
u'undoubtedli': 1,
u'eighteenth': 1,
u'germ': 17,
u'interrel': 1,
u'logist': 1,
u'gaozhou': 1,
u'solubil': 1,
u'meiotic': 11,
u'titrat': 2,
u'19q13': 1,
u'hyperplasia': 1,
u'peduncl': 1,
u'third': 26,
u'r231h': 3,
u'redefinit': 1,
u'q454p': 1,
u'fmr1': 27,
u'russia': 1,
u'f8c': 4,
u'pyoderma': 2,
u'prospect': 1,
u'sac': 1,
u'saa': 9,
u'col9a2': 1,
u'dash': 1,
u'allel': 292,
u'necrosi': 1,
u'5382insc': 1,
u'phosphoribosyl': 2,
u'fertil': 3,
u'hydrostat': 1,
u'greek': 1,
u'ialpha1': 1,
u'consortium': 4,
u'multisystem': 3,
u'note': 8,
u'dispar': 2,
u'thyrocyt': 3,
u'take': 3,
u'advis': 1,
u'destroy': 3,
u'frament': 1,
u'ependymoma': 1,
u'channel': 11,
u'transferas': 6,
u'pain': 1,
u'trace': 8,
u'normal': 336,
u'ruffl': 1,
u'basava': 1,
u'ctsc': 8,
u'compress': 1,
u'beta': 11,
u'tract': 4,
u'pair': 48,
u'knee': 2,
u'paget': 1,
u'ankl': 3,
u'allevi': 1,
u'synonym': 1,
u'enamel': 4,
u'55fe': 1,
u'jewri': 1,
u'drive': 4,
u'axe': 1,
u'salt': 1,
u'cobra': 1,
u'show': 211,
u'cornea': 1,
u'cytotox': 1,
u'concomit': 1,
u'aplasia': 1,
u'unprocess': 1,
u'saccharomyc': 2,
u'oncolog': 1,
u'ahaii': 1,
u'threshold': 2,
u'serin': 7,
u'retinoschisin': 7,
u'slot': 2,
u'slow': 5,
u'imbal': 2,
u'vitreoretin': 2,
u'helic': 1,
u'parametr': 2,
u'black': 10,
u'helix': 3,
u'3beta': 1,
u'extracellular': 6,
u'inhibitori': 3,
u'nearli': 8,
u'hungarian': 2,
u'distinctli': 1,
u'p95': 1,
u'secondari': 9,
u'r58f': 1,
u'gef': 6,
u'serolog': 2,
...})
In [123]:
# 2-grams, stopwords included
files = os.listdir(ncbi_dir)
bigr = []
for f in files:
words = [w.lower() for w in ncbi.words(f)]
sub_bigr = list(bigrams(words))
for s in sub_bigr:
bigr.append(s)
fd_bigr = nltk.FreqDist(bigr)
fd_bigr.plot(30, cumulative=False)
In [124]:
# 2-grams, stopwords excluded
files = os.listdir(ncbi_dir)
bigr_stop = []
for f in files:
words = [w.lower() for w in ncbi.words(f) if w.lower() not in stopwords.words('english')]
sub_bigr = list(bigrams(words))
for s in sub_bigr:
bigr_stop.append(s)
fd_bigr_stop = nltk.FreqDist(bigr_stop)
fd_bigr_stop.plot(30, cumulative=False)
In [126]:
# 3-grams, stopwords excluded
files = os.listdir(ncbi_dir)
trigr_stop = []
for f in files:
words = [w.lower() for w in ncbi.words(f) if w.lower() not in stopwords.words('english')]
sub_trigr = list(trigrams(words))
for s in sub_trigr:
trigr_stop.append(s)
fd_trigr_stop = nltk.FreqDist(trigr_stop)
fd_trigr_stop.plot(30, cumulative=False)
In [129]:
# 4-grams
files = os.listdir(ncbi_dir)
n = 4
fourgr_stop = []
for f in files:
words = [w.lower() for w in ncbi.words(f) if w.lower() not in stopwords.words('english')]
sub_fourgr = list(ngrams(words, n))
for s in sub_fourgr:
fourgr_stop.append(s)
fd_fourgr_stop = nltk.FreqDist(fourgr_stop)
fd_fourgr_stop.plot(30, cumulative=False)
In [130]:
# POS tagging
words_tag = nltk.pos_tag(words)
In [ ]:
#
Content source: NUNLP/NCBI-Disease-Corpus
Similar notebooks: